More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2361 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 		 342 aa  513  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  66.56 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  64.59 
 
 		 330 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 305 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  63.25 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  62.91 
 
 		 307 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  63.25 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  62.66 
 
 		 335 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 307 aa  388  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  60.2 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  60.2 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  60.2 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  61.62 
 
 		 304 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 307 aa  381  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 		 307 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 321 aa  363  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  59.14 
 
 		 313 aa  361  8e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  59.14 
 
 		 313 aa  361  8e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  59.14 
 
 		 313 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60 
 
 		 304 aa  358  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 303 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  59.11 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.25 
 
 		 319 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 318 aa  325  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  52.26 
 
 		 318 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.416763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  47.65 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  47.32 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 300 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 306 aa  275  6e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 311 aa  262  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 303 aa  255  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 315 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 315 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 305 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 306 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 309 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  42.86 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 307 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 347 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.18 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.41 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1230  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.72 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>