More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7195 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 314 aa  650    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.98 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  38.99 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 335 aa  119  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  30.81 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 338 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  33.5 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 368 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  27.15 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 388 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 399 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 398 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  34.84 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  35.48 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 361 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 315 aa  96.3  7e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.18 
 
 		 325 aa  89  9e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 319 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  33.97 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  26.48 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 350 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  28.49 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.05 
 
 		 158 aa  83.2  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 365 aa  79.7  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 382 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  28.74 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  26.67 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 347 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  27.89 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  29.25 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  29.25 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  29.25 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  27.33 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  34.78 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  33.33 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  34.07 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  31.14 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3978  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.250001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  28.76 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  23.65 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 325 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 531 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  30.34 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 335 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 353 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 513 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>