More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0271 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 256 aa  517  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.36 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.12 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.44 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.3 
 
 		 260 aa  222  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  44.19 
 
 		 250 aa  222  4e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  41.25 
 
 		 254 aa  215  7e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.76 
 
 		 262 aa  211  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.48 
 
 		 265 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.4 
 
 		 259 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.77 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.23 
 
 		 258 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.53 
 
 		 243 aa  202  6e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.92 
 
 		 261 aa  201  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  40.55 
 
 		 251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.32 
 
 		 251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.09 
 
 		 256 aa  195  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.28 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.98 
 
 		 253 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.96 
 
 		 256 aa  185  7e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.7 
 
 		 251 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.31 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 255 aa  176  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.98 
 
 		 252 aa  175  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.77 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.74 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  35.94 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.33 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 253 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  37.31 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  31.76 
 
 		 240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.03 
 
 		 260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  52.1 
 
 		 153 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.32 
 
 		 260 aa  115  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.97 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  33.48 
 
 		 245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.95 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  27.45 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  27.6 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.94 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  30.13 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 270 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.27 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  28.45 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.78 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  29.68 
 
 		 247 aa  99.8  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 317 aa  99.8  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  25.41 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 263 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  51.46 
 
 		 141 aa  98.6  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.44 
 
 		 240 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  27.76 
 
 		 257 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  25.64 
 
 		 275 aa  97.8  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.56 
 
 		 245 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.14 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 254 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.07 
 
 		 237 aa  97.1  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.12 
 
 		 238 aa  97.4  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.41 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.52 
 
 		 251 aa  92.4  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  27.06 
 
 		 249 aa  92.4  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.97 
 
 		 251 aa  92  8e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.12 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.77 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.34 
 
 		 237 aa  90.9  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.22 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.58 
 
 		 248 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  27.59 
 
 		 254 aa  89.7  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.12 
 
 		 266 aa  89.4  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.7 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  27.95 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  26.07 
 
 		 246 aa  89  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  25.68 
 
 		 246 aa  89  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  26.46 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  25.22 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  26.07 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  26.07 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  26.59 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  26.07 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.66 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  26.07 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  26.53 
 
 		 279 aa  85.9  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  26.07 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  26.07 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>