More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2687 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  634    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  40.52 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  33.45 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  33.45 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  33.45 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  38.77 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  32.23 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  32.01 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  30.43 
 
 		 315 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  32.38 
 
 		 341 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  32.38 
 
 		 314 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  32.38 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  32.38 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  40.68 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  32.03 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 333 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  35.05 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.2 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  28.48 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  35.41 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 318 aa  113  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  27.87 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 432 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  30.75 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  30.75 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 326 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.97 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>