83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6273 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6273  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 244 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5977  extracellular solute-binding protein  96.71 
 
 		 244 aa  447  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7267  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  92.98 
 
 		 264 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5966  extracellular solute-binding protein  91.67 
 
 		 349 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5602  extracellular solute-binding protein  91.32 
 
 		 244 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6466  extracellular solute-binding protein  89.67 
 
 		 244 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.59873  normal  0.0219509 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6880  extracellular solute-binding protein  84.3 
 
 		 244 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4651  extracellular solute-binding protein  76.03 
 
 		 243 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.545523  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3717  extracellular solute-binding protein  76.03 
 
 		 243 aa  362  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5653  extracellular solute-binding protein  76.03 
 
 		 243 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.493733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3873  extracellular solute-binding protein  71.73 
 
 		 250 aa  340  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.543903  normal  0.744123 
 
 
-
 
NC_003296  RS04698  periplasmic substrate binding ABC transporter protein  69.83 
 
 		 245 aa  338  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.291783 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6190  extracellular solute-binding protein family 3  69.42 
 
 		 273 aa  329  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4553  extracellular solute-binding protein  67.49 
 
 		 247 aa  316  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.221841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4744  extracellular solute-binding protein family 3  65.4 
 
 		 277 aa  309  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273902  normal  0.741652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2836  extracellular solute-binding protein  65.25 
 
 		 248 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3154  extracellular solute-binding protein family 3  62.08 
 
 		 249 aa  288  8e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0903537  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1361  extracellular solute-binding protein  49.17 
 
 		 269 aa  251  9.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1628  extracellular solute-binding protein  51.79 
 
 		 279 aa  207  9e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625521  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0588  extracellular solute-binding protein family 3  48.78 
 
 		 207 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4109  extracellular solute-binding protein  51.28 
 
 		 264 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.664204  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3636  extracellular solute-binding protein family 3  46.46 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.59453 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8634  extracellular solute-binding protein family 3  38.71 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.365468  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2646  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 266 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.997273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45195  predicted protein  37.76 
 
 		 253 aa  134  9e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.177256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0285  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 266 aa  105  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.994895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3455  putative amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  29.95 
 
 		 223 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4313  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.438014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1297  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.78 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  27.78 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  29.75 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 277 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.32 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3631  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.867063  normal  0.017598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 277 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  29.41 
 
 		 273 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0782  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 269 aa  52.8  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.211491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0736  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 279 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.580874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  28.05 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 		 275 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 255 aa  48.9  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6294  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102459  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  26.8 
 
 		 278 aa  48.1  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  27.46 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  24.49 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  24.49 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2155  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 275 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4039  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2201  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 275 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51731  normal  0.0309221 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2142  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 275 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.332487  hitchhiker  0.00274771 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  25.79 
 
 		 270 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 267 aa  46.2  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 276 aa  45.8  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  24.56 
 
 		 276 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 279 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 268 aa  45.4  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  24.48 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.01 
 
 		 274 aa  44.7  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5590  extracellular solute-binding protein family 3  27.56 
 
 		 277 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.332068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 277 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6284  putative periplasmic-binding protein  21.52 
 
 		 265 aa  43.9  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.04 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.48 
 
 		 503 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1846  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 277 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.898841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2912  glutamine ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.68 
 
 		 277 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.357027  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.93 
 
 		 280 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 276 aa  43.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0201  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 324 aa  43.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0704  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 332 aa  42.4  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.721157  normal  0.0331446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 248 aa  42.4  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3683  extracellular solute-binding protein family 3  25.3 
 
 		 301 aa  42.4  0.007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.94 
 
 		 503 aa  42.4  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1449  extracellular solute-binding protein family 3  30.84 
 
 		 295 aa  42  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 267 aa  42  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 274 aa  42  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>