More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5933 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5933  MATE efflux family protein  100 
 
 		 456 aa  896    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.650247  normal  0.0243136 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1139  MATE efflux family protein  28.7 
 
 		 452 aa  203  6e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.813977  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  27.31 
 
 		 471 aa  144  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  27.31 
 
 		 471 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  29.95 
 
 		 462 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  29.72 
 
 		 462 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  28.43 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  26.81 
 
 		 470 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  29.95 
 
 		 462 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  29.72 
 
 		 462 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  29.87 
 
 		 462 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  29.87 
 
 		 462 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  29.87 
 
 		 462 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  29.59 
 
 		 470 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  28.15 
 
 		 464 aa  134  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  29.84 
 
 		 470 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  27.52 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  27.52 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  27.52 
 
 		 468 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  27.52 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  27.52 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  27.52 
 
 		 468 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  28.47 
 
 		 468 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  24.78 
 
 		 462 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  27.7 
 
 		 463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  28.09 
 
 		 461 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  25.3 
 
 		 442 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  28.16 
 
 		 451 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  28.38 
 
 		 462 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  28.16 
 
 		 451 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  26.65 
 
 		 465 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  27.01 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  27.77 
 
 		 477 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  26.76 
 
 		 460 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  26.88 
 
 		 451 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  24.89 
 
 		 454 aa  117  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  25.37 
 
 		 457 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  26.03 
 
 		 457 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  28.76 
 
 		 456 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0418  MATE efflux family protein  32.45 
 
 		 448 aa  116  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0686171 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  24.82 
 
 		 453 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  24.82 
 
 		 450 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  24.82 
 
 		 450 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  25.37 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  27.01 
 
 		 453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  25.37 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  25.37 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  28.07 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  28.33 
 
 		 477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  28.33 
 
 		 477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  27.27 
 
 		 478 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  25.74 
 
 		 457 aa  114  5e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  26.49 
 
 		 467 aa  113  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  25.43 
 
 		 456 aa  113  8.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  25.06 
 
 		 455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  26.39 
 
 		 464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  26.35 
 
 		 467 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  23.06 
 
 		 451 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  26.24 
 
 		 470 aa  111  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  23.81 
 
 		 450 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  25.85 
 
 		 466 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  27.65 
 
 		 477 aa  111  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  26.34 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  27.34 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  25.92 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  26.34 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  24.69 
 
 		 457 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  27.54 
 
 		 460 aa  110  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 467 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  24.33 
 
 		 458 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 458 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1859  MATE efflux family protein  25.31 
 
 		 450 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763838  normal  0.0423968 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  28.28 
 
 		 441 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  26.28 
 
 		 462 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  24.02 
 
 		 457 aa  109  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  27.63 
 
 		 472 aa  109  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  23.63 
 
 		 460 aa  108  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  28.93 
 
 		 468 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69890  multidrug efflux protein NorA  28.81 
 
 		 488 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  24.89 
 
 		 452 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  26.13 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  26.17 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  24.04 
 
 		 452 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  22.87 
 
 		 425 aa  107  6e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1435  multidrug efflux protein  24.67 
 
 		 452 aa  107  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.602082  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1304  multidrug efflux protein  24.5 
 
 		 452 aa  106  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1438  MATE efflux family protein  24.61 
 
 		 453 aa  106  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.805906  hitchhiker  0.00501053 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  25.12 
 
 		 455 aa  106  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  22.41 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  24.89 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  26.74 
 
 		 472 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  24.21 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>