More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1298 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.58 
 
 
248 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.34 
 
 
248 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.15 
 
 
248 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.15 
 
 
248 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.15 
 
 
248 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.04 
 
 
274 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.61 
 
 
248 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.42 
 
 
248 aa  363  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.61 
 
 
248 aa  360  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.35 
 
 
248 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.64 
 
 
248 aa  353  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.64 
 
 
248 aa  352  5e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.77 
 
 
262 aa  347  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.79 
 
 
248 aa  344  8e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.35 
 
 
248 aa  341  7e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.18 
 
 
248 aa  333  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  67.74 
 
 
248 aa  321  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
250 aa  307  9e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
249 aa  297  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
249 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
271 aa  282  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
249 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
249 aa  279  3e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 
249 aa  279  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
249 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.55 
 
 
255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
251 aa  268  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  52.82 
 
 
246 aa  261  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
251 aa  248  4e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  248  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
250 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  55.69 
 
 
250 aa  231  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
249 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
250 aa  217  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
250 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  45.53 
 
 
255 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
254 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
254 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
246 aa  198  7.999999999999999e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
247 aa  196  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
246 aa  192  6e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.53 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
269 aa  185  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
261 aa  184  9e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.898845  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
247 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.68 
 
 
247 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
246 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 
246 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
254 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0592411  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
285 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
284 aa  178  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  43.37 
 
 
247 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
247 aa  176  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  175  8e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.08 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.151121  normal  0.0260274 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.7 
 
 
247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
250 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
250 aa  172  5e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  44.08 
 
 
247 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
254 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
250 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
292 aa  170  2e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.907948  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
268 aa  170  2e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
257 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
249 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
285 aa  169  5e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
243 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  42.57 
 
 
248 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
254 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.11 
 
 
254 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.43 
 
 
246 aa  168  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
285 aa  168  8e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  39.76 
 
 
264 aa  167  1e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
285 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
285 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
247 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
275 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
250 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
250 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
284 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
285 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0246755  normal  0.0427159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>