More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6669 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  65.21 
 
 		 913 aa  1120    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  65.14 
 
 		 939 aa  1121    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  75.56 
 
 		 930 aa  1335    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.68 
 
 		 884 aa  647    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  65.21 
 
 		 914 aa  1121    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  65.21 
 
 		 914 aa  1123    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 856 aa  1739    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.42 
 
 		 866 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.6 
 
 		 880 aa  624  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.84 
 
 		 886 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.29 
 
 		 867 aa  606  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.51 
 
 		 861 aa  605  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.44 
 
 		 872 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.22 
 
 		 850 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  39.33 
 
 		 901 aa  588  1e-166  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.24 
 
 		 901 aa  587  1e-166  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.73 
 
 		 852 aa  575  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.26 
 
 		 852 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.15 
 
 		 1040 aa  546  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.94 
 
 		 890 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  39.09 
 
 		 833 aa  541  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.5 
 
 		 866 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.53 
 
 		 963 aa  534  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  38.79 
 
 		 844 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.9 
 
 		 880 aa  532  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  39.08 
 
 		 842 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.23 
 
 		 851 aa  527  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  37.22 
 
 		 870 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.1 
 
 		 870 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.2 
 
 		 865 aa  512  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  36.12 
 
 		 888 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  35.38 
 
 		 866 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  35.38 
 
 		 861 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  36.52 
 
 		 866 aa  502  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  36.62 
 
 		 854 aa  498  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  36.62 
 
 		 854 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.62 
 
 		 863 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  35.52 
 
 		 865 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  36.71 
 
 		 866 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  37.93 
 
 		 868 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  35.99 
 
 		 866 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  36.43 
 
 		 866 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.62 
 
 		 887 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  35.06 
 
 		 883 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.94 
 
 		 883 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  36.46 
 
 		 872 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  34.07 
 
 		 866 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  34.71 
 
 		 875 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  35.93 
 
 		 833 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  33.33 
 
 		 863 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  34.93 
 
 		 853 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.64 
 
 		 929 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  34.93 
 
 		 853 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  34.93 
 
 		 853 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  33.95 
 
 		 878 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  34.69 
 
 		 853 aa  442  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  35.81 
 
 		 850 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  33.95 
 
 		 878 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  33.84 
 
 		 878 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  35.69 
 
 		 833 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  34.81 
 
 		 853 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  33.01 
 
 		 866 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.25 
 
 		 866 aa  438  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.29 
 
 		 838 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.01 
 
 		 866 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  33.01 
 
 		 866 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.84 
 
 		 878 aa  438  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  34.29 
 
 		 838 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  35.57 
 
 		 833 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  34.29 
 
 		 863 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.04 
 
 		 838 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  34.16 
 
 		 838 aa  436  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  34.16 
 
 		 838 aa  436  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  33.01 
 
 		 866 aa  435  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  33.64 
 
 		 856 aa  434  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  34.16 
 
 		 838 aa  436  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.01 
 
 		 866 aa  431  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  32.77 
 
 		 866 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.84 
 
 		 871 aa  425  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.8 
 
 		 833 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34 
 
 		 877 aa  423  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  33.91 
 
 		 842 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  33.18 
 
 		 842 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.01 
 
 		 876 aa  422  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.27 
 
 		 819 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.43 
 
 		 852 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  33.78 
 
 		 842 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  34.49 
 
 		 888 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  34.21 
 
 		 873 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.75 
 
 		 837 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.17 
 
 		 888 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  34.37 
 
 		 888 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.25 
 
 		 888 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  32.65 
 
 		 869 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  32.81 
 
 		 869 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.26 
 
 		 851 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  32.57 
 
 		 869 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.25 
 
 		 844 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.57 
 
 		 875 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  32.99 
 
 		 870 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>