More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0401 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 324 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  79.81 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  76.47 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.61 
 
 		 300 aa  499  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  78.48 
 
 		 329 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.94 
 
 		 351 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  77.24 
 
 		 321 aa  481  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  63.66 
 
 		 323 aa  394  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  61.22 
 
 		 322 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  63 
 
 		 342 aa  363  3e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  61.11 
 
 		 367 aa  359  4e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  65.33 
 
 		 326 aa  355  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  60.45 
 
 		 365 aa  352  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  60.45 
 
 		 365 aa  352  5e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  60.77 
 
 		 329 aa  349  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  61.22 
 
 		 320 aa  346  3e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.42 
 
 		 313 aa  322  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.65 
 
 		 322 aa  321  9.999999999999999e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.57 
 
 		 315 aa  315  7e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.23 
 
 		 315 aa  314  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.59 
 
 		 322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.56 
 
 		 315 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.52 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.19 
 
 		 311 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.89 
 
 		 313 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  53.02 
 
 		 326 aa  293  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  51.5 
 
 		 311 aa  283  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  51.01 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.8 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.5 
 
 		 306 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.83 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.83 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.68 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.5 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.5 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.18 
 
 		 330 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  46.62 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  47.16 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  39.03 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.63 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  45.82 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  35.81 
 
 		 311 aa  219  7e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.79 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  36.27 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  44.9 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  39.73 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  39.74 
 
 		 335 aa  192  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.39 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  36.33 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  39.54 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  42.67 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.2 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  39.47 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.25 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.34 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.2 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.53 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.54 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.99 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  41.81 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  32.18 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.73 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  39.67 
 
 		 318 aa  179  7e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.02 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.1 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.1 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.1 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.1 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.1 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.09 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.54 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.06 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.06 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  41.08 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2996  tyrosine recombinase XerC  38.66 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  40.13 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.51 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  41.3 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  38.21 
 
 		 291 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.5 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  37.87 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  37.88 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.54 
 
 		 299 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.48 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  33.55 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  38.16 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.66 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  35.12 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  37.75 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.42 
 
 		 328 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.04 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.16 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>