245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9208 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
310 aa  625  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  46.15 
 
 
255 aa  205  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.16 
 
 
319 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
319 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
297 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
303 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
303 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.37 
 
 
303 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
297 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
298 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
299 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
323 aa  127  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  30.69 
 
 
316 aa  119  7.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
301 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  31.76 
 
 
300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
297 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
293 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  28.38 
 
 
297 aa  110  3e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
297 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
294 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.55 
 
 
297 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.55 
 
 
297 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  32.11 
 
 
295 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  31.1 
 
 
303 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
298 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
298 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
292 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
296 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  28 
 
 
301 aa  107  4e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
296 aa  105  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
289 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
294 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.77 
 
 
295 aa  102  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
323 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
299 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
297 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.22 
 
 
297 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
297 aa  99.4  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
295 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
294 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
292 aa  96.3  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
321 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
297 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
307 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
292 aa  92.4  8e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
296 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
296 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
328 aa  89.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
293 aa  86.3  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
286 aa  85.9  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 
295 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.3 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.08 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
301 aa  65.1  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.24 
 
 
318 aa  63.2  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.76 
 
 
364 aa  62  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2647  hypothetical protein  28.17 
 
 
289 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0823  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.14 
 
 
299 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
287 aa  61.6  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02506  conserved hypothetical protein  25.44 
 
 
439 aa  60.5  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0777894  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.84 
 
 
280 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
321 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.42 
 
 
351 aa  58.9  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  24.84 
 
 
309 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
330 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.2 
 
 
319 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
291 aa  55.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.48 
 
 
330 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.11 
 
 
324 aa  54.3  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
283 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.33 
 
 
330 aa  54.7  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
307 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  0.0341268 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.30935  normal  0.512704 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_68551  hypothetical protein  25.37 
 
 
351 aa  54.7  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.45922  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.28 
 
 
320 aa  53.9  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1936  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
283 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6490  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.94 
 
 
325 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.17 
 
 
332 aa  53.1  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.17 
 
 
332 aa  53.1  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.75 
 
 
366 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.26 
 
 
321 aa  52.8  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
307 aa  52.8  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  29.28 
 
 
326 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2562  putative oxidoreductase protein  28.78 
 
 
291 aa  52.4  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>