More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5386 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
297 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.97 
 
 
297 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.56 
 
 
297 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  88.89 
 
 
297 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  88.89 
 
 
297 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.55 
 
 
297 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  74.32 
 
 
297 aa  441  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.81 
 
 
294 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.81 
 
 
296 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.1 
 
 
293 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.85 
 
 
295 aa  359  3e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.34 
 
 
296 aa  346  3e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  61.69 
 
 
303 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.74 
 
 
296 aa  316  3e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.7 
 
 
302 aa  316  4e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.27 
 
 
292 aa  311  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.61 
 
 
294 aa  301  8.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.89 
 
 
294 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.1 
 
 
298 aa  295  6e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
296 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.38 
 
 
298 aa  290  2e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.16 
 
 
292 aa  287  2e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
296 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
296 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
296 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.88 
 
 
297 aa  285  5.999999999999999e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.48 
 
 
307 aa  282  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.52 
 
 
295 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.53 
 
 
295 aa  281  1e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.72 
 
 
328 aa  265  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.53 
 
 
301 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.83 
 
 
299 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.43 
 
 
323 aa  260  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.35 
 
 
292 aa  252  4.0000000000000004e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.72 
 
 
293 aa  249  4e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 
295 aa  237  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.15 
 
 
321 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  49.15 
 
 
295 aa  236  4e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  42.05 
 
 
297 aa  235  7e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.97 
 
 
298 aa  232  6e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.34 
 
 
297 aa  227  2e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.62 
 
 
294 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  42.5 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.1 
 
 
323 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.85 
 
 
289 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.24 
 
 
293 aa  206  5e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.49 
 
 
311 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  39.07 
 
 
301 aa  189  4e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  32.33 
 
 
316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.22 
 
 
310 aa  118  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
297 aa  112  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
298 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
303 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
303 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
307 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  31.23 
 
 
300 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
319 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
291 aa  97.1  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
297 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
303 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
286 aa  92.4  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
299 aa  90.9  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.95 
 
 
295 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
319 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
295 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
291 aa  86.7  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  34.98 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
340 aa  79  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
287 aa  79  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.2 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.39 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.86 
 
 
339 aa  68.9  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
311 aa  68.9  0.00000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.5698  normal  0.0792135 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.01 
 
 
350 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.96 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.24 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  30.53 
 
 
329 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
326 aa  66.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  31.35 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
270 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.81 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.55 
 
 
376 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.02 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.81 
 
 
332 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
330 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
347 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  30.59 
 
 
329 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
334 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  28.76 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.59 
 
 
335 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  27.24 
 
 
328 aa  63.5  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>