More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0373 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
291 aa  591  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  31.74 
 
 
300 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
297 aa  105  9e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
296 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
293 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
296 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
295 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  31.85 
 
 
303 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
312 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.3 
 
 
298 aa  96.3  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
291 aa  95.9  7e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
295 aa  92.8  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
286 aa  92.8  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
294 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
294 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
301 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
299 aa  89  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
294 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
307 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
289 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.09 
 
 
297 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
302 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.42 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.42 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.8 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
298 aa  78.2  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
297 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.78 
 
 
297 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.4 
 
 
292 aa  74.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
292 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
296 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
293 aa  70.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  25.32 
 
 
297 aa  68.2  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
298 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  26.73 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
321 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
292 aa  66.6  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3645  domain of unknown function DUF1731  32.47 
 
 
298 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3700  hypothetical protein  37.6 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
328 aa  63.9  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  30.45 
 
 
295 aa  63.9  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3719  domain of unknown function DUF1731  35.36 
 
 
298 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.488792  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.11 
 
 
321 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1826  mRNA-binding protein  26.46 
 
 
313 aa  61.2  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.79 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3719  domain of unknown function DUF1731  26 
 
 
304 aa  60.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
328 aa  60.1  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.47 
 
 
315 aa  60.1  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
271 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
299 aa  58.9  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
330 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  33.33 
 
 
328 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
311 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
317 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.205893  normal  0.491285 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
297 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
312 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
346 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.9 
 
 
327 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0144299  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
312 aa  57.4  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.86 
 
 
501 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
305 aa  56.6  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
325 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
346 aa  56.2  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 
321 aa  55.8  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7062  NmrA family protein  35.45 
 
 
512 aa  55.8  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
349 aa  55.8  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  23.01 
 
 
337 aa  55.5  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0621  NmrA family protein  38.18 
 
 
211 aa  55.1  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.837507  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
350 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3579  hypothetical protein  38.35 
 
 
298 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.406698  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
296 aa  55.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  24.02 
 
 
353 aa  54.7  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  24.02 
 
 
326 aa  54.7  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
297 aa  54.7  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.861172  normal  0.107005 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0242  saccharopine dehydrogenase related protein  29.46 
 
 
279 aa  54.3  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
316 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0642  NmrA family protein  38.53 
 
 
211 aa  54.7  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
325 aa  53.9  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.74 
 
 
411 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
270 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 
317 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2118  hypothetical protein  27.73 
 
 
310 aa  52.8  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
349 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
328 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>