More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3984 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
293 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  65.42 
 
 
297 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.44 
 
 
296 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.41 
 
 
294 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  62.03 
 
 
303 aa  350  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.36 
 
 
296 aa  348  4e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  65.2 
 
 
297 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  65.2 
 
 
297 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.19 
 
 
297 aa  343  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.85 
 
 
297 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.2 
 
 
297 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  65.1 
 
 
297 aa  331  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.32 
 
 
295 aa  320  9.999999999999999e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.25 
 
 
297 aa  301  6.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.06 
 
 
298 aa  289  4e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.24 
 
 
296 aa  282  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.51 
 
 
292 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 
294 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.58 
 
 
294 aa  279  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.03 
 
 
296 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.86 
 
 
295 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.06 
 
 
298 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.51 
 
 
301 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.8 
 
 
292 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.04 
 
 
307 aa  266  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.84 
 
 
302 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.83 
 
 
295 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.51 
 
 
292 aa  259  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
296 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
296 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
296 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.9 
 
 
293 aa  253  3e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.98 
 
 
299 aa  250  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.23 
 
 
323 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  49.83 
 
 
295 aa  245  8e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.44 
 
 
328 aa  244  9e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.62 
 
 
298 aa  240  2e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.83 
 
 
297 aa  241  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.45 
 
 
293 aa  238  9e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.47 
 
 
321 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  42.62 
 
 
297 aa  231  1e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
294 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  42.5 
 
 
321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.91 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 
323 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  38.8 
 
 
301 aa  195  7e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.03 
 
 
311 aa  187  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
289 aa  179  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  32.33 
 
 
316 aa  138  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 
298 aa  115  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.55 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
307 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
291 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
303 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.57 
 
 
303 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  31.68 
 
 
300 aa  105  7e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
297 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
301 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
312 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
297 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
295 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
295 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
291 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
299 aa  98.2  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
303 aa  93.6  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.1 
 
 
286 aa  93.2  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
319 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  31.8 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
324 aa  67  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  27.18 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_68551  hypothetical protein  27.08 
 
 
351 aa  66.2  0.0000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.45922  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
331 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.82 
 
 
330 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
330 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  36.81 
 
 
329 aa  63.9  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
330 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
329 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  29.2 
 
 
329 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  27.73 
 
 
328 aa  62.8  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
331 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
320 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
277 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  29.72 
 
 
340 aa  60.8  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  25.94 
 
 
328 aa  60.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.85 
 
 
332 aa  60.1  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.77 
 
 
350 aa  59.7  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  30.74 
 
 
333 aa  59.7  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
311 aa  59.3  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.5698  normal  0.0792135 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
355 aa  59.3  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.46 
 
 
332 aa  58.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.89 
 
 
324 aa  58.2  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
334 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.98 
 
 
328 aa  58.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>