More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0823 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
307 aa  610  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.73 
 
 
303 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.73 
 
 
303 aa  345  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.4 
 
 
303 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  55 
 
 
319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.62 
 
 
319 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.19 
 
 
298 aa  298  8e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.2 
 
 
297 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.54 
 
 
297 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.53 
 
 
301 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
299 aa  219  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  39.25 
 
 
300 aa  157  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.12 
 
 
310 aa  142  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  35.41 
 
 
303 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_68551  hypothetical protein  30.95 
 
 
351 aa  122  6e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.45922  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  32.91 
 
 
255 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
323 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02225  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G07170)  29.85 
 
 
342 aa  118  9.999999999999999e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.439161  normal  0.578499 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
295 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02506  conserved hypothetical protein  29.22 
 
 
439 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0777894  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
312 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
293 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
295 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.18 
 
 
296 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
302 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
301 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  29.22 
 
 
297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  29.39 
 
 
301 aa  109  5e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
296 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
294 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
323 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  30.56 
 
 
316 aa  108  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
295 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK01610  hypothetical protein  29.12 
 
 
364 aa  108  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.529608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
307 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
292 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
291 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.61 
 
 
297 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.61 
 
 
297 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
297 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
294 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
297 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
298 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
289 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
311 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
295 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08988  conserved hypothetical protein  31.47 
 
 
374 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.956062  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
292 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
295 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
294 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
286 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
297 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  33.87 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.87 
 
 
297 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
298 aa  93.2  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
296 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
294 aa  92.4  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
297 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
292 aa  89.7  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
293 aa  88.6  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.4 
 
 
321 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
328 aa  87.8  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
297 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.71 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0933785  normal  0.079613 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  28.48 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.1 
 
 
329 aa  79  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.137403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
294 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
287 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
334 aa  68.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1782  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.96 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370358  normal  0.55049 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000484871 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.41 
 
 
336 aa  63.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  24.76 
 
 
340 aa  63.2  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09152  conserved hypothetical protein  24.92 
 
 
360 aa  62  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.348085 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.24 
 
 
339 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  25 
 
 
340 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
314 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.08 
 
 
336 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.38 
 
 
336 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.66 
 
 
309 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  28.97 
 
 
329 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.03 
 
 
315 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05409  conserved hypothetical protein  24.26 
 
 
415 aa  60.5  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.172063 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 
331 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.62 
 
 
336 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>