More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2760 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
301 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.63 
 
 
296 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.22 
 
 
295 aa  345  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
295 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.58 
 
 
298 aa  299  4e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 
292 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  53.56 
 
 
297 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.12 
 
 
295 aa  278  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.51 
 
 
293 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.2 
 
 
294 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.53 
 
 
296 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.15 
 
 
296 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.22 
 
 
297 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.22 
 
 
297 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.88 
 
 
297 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.88 
 
 
297 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.41 
 
 
328 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.85 
 
 
294 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  49 
 
 
303 aa  248  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.34 
 
 
295 aa  245  4.9999999999999997e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.83 
 
 
294 aa  245  8e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.19 
 
 
297 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.85 
 
 
297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.8 
 
 
296 aa  235  8e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
307 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.7 
 
 
299 aa  232  7.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.33 
 
 
292 aa  231  8.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.78 
 
 
298 aa  228  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.1 
 
 
302 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.14 
 
 
294 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  44.93 
 
 
297 aa  222  6e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.64 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.58 
 
 
293 aa  218  1e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.44 
 
 
297 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.77 
 
 
297 aa  215  8e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.27 
 
 
321 aa  215  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  40.2 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 
323 aa  212  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  43.43 
 
 
295 aa  206  3e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.67 
 
 
296 aa  205  7e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.67 
 
 
296 aa  205  7e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.67 
 
 
296 aa  205  7e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 
323 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  38.63 
 
 
321 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.26 
 
 
311 aa  179  7e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.13 
 
 
289 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
293 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  34.67 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.17 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  34.31 
 
 
300 aa  109  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
286 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
295 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
301 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
312 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
295 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
307 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
299 aa  97.1  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
297 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  32.14 
 
 
255 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
297 aa  93.6  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  31.88 
 
 
319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
303 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
303 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  26.85 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  26.83 
 
 
329 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  27.9 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
292 aa  70.5  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
355 aa  70.1  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2118  hypothetical protein  28.06 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
287 aa  68.9  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1751  hypothetical protein  29.02 
 
 
311 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.888541  normal  0.757585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  28.84 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.14574  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  25.86 
 
 
329 aa  65.5  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2388  hypothetical protein  25.1 
 
 
297 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.926114  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.29 
 
 
339 aa  64.7  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
330 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  25.63 
 
 
329 aa  63.2  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
319 aa  63.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
328 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4158  domain of unknown function DUF1731  27.17 
 
 
303 aa  62.4  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1224  UDP-glucose 4-epimerase  26.33 
 
 
328 aa  62.4  0.000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00236591  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1711  UDP-glucose 4-epimerase  24.69 
 
 
329 aa  62.4  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0857741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  25.86 
 
 
329 aa  62  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  23.68 
 
 
328 aa  62  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1057  hypothetical protein  25.1 
 
 
295 aa  62.4  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.251786  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
411 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
328 aa  60.8  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>