More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1978 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
295 aa  597  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.22 
 
 
295 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.07 
 
 
296 aa  424  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.22 
 
 
301 aa  358  6e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.39 
 
 
298 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.12 
 
 
292 aa  323  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931423  normal  0.254335 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0546  putative epimerase/dehydratase  56.71 
 
 
297 aa  315  8e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.680238  normal  0.619061 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.29 
 
 
296 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
295 aa  299  4e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124899  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4327  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.94 
 
 
295 aa  294  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.581681  normal  0.0216504 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.73 
 
 
294 aa  292  6e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1649  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.08 
 
 
294 aa  288  9e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0651828  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2288  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.24 
 
 
294 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.22 
 
 
297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.54 
 
 
293 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.255762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4718  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  54.55 
 
 
297 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.480592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3645  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  54.55 
 
 
297 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.21 
 
 
307 aa  275  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
297 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.17 
 
 
296 aa  271  9e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.126315  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3548  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.51 
 
 
297 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5386  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.84 
 
 
297 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567394  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1770  putative dyhydroflavanol-4-reductase  52.04 
 
 
303 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116942  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.2 
 
 
296 aa  264  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.698851  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.84 
 
 
298 aa  262  4.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.46 
 
 
302 aa  261  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.57 
 
 
292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.204462 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.75 
 
 
297 aa  238  5.999999999999999e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
293 aa  238  1e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0140981  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.94 
 
 
328 aa  237  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.302812  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5391  cyclic nucleotide-binding protein  45.79 
 
 
295 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
294 aa  228  8e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
296 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
296 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0159245  normal  0.194021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
296 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.82 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
292 aa  222  8e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0992  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.14 
 
 
323 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.174281  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1771  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  43.49 
 
 
321 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0951305  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00630  hypothetical protein  42.71 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.495263  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
289 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.735445 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.69 
 
 
298 aa  208  8e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00640  hypothetical protein  39.59 
 
 
301 aa  199  5e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.741497  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5761  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
323 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.807379 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.55 
 
 
293 aa  189  4e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1099  putative epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
321 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00865955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3533  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
311 aa  171  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02116  NAD dependent epimerase/dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00180)  32 
 
 
316 aa  144  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.218731  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0090  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9208  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.76 
 
 
310 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
297 aa  109  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0678139  normal  0.140685 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
301 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal  0.245875 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
291 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0720  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
297 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
303 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
303 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.48477  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5032  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
286 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.575929  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 
291 aa  99.4  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
299 aa  99  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.51 
 
 
295 aa  95.9  7e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.584943  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.700387  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
312 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2949  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  31.92 
 
 
319 aa  92.8  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.262327  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
303 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247898  normal  0.37073 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1160  hypothetical protein  31.02 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.486505  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
319 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417998  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2030  hypothetical protein  29.11 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5980  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.853501  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142484  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  26.15 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.86 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  24.52 
 
 
329 aa  67  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1057  hypothetical protein  23.83 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.251786  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
294 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  27.16 
 
 
333 aa  63.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  27.1 
 
 
329 aa  62.8  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.06 
 
 
319 aa  62.4  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
311 aa  61.6  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.5698  normal  0.0792135 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2219  hypothetical protein  24.81 
 
 
293 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.209038 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
277 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
328 aa  61.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
340 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
328 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  27.1 
 
 
329 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
340 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
340 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
310 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK01610  hypothetical protein  27.2 
 
 
364 aa  58.5  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.529608  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1432  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.79 
 
 
302 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000441102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0349  hypothetical protein  26.79 
 
 
302 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000136273  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2074  NmrA family protein  47.89 
 
 
286 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1542  hypothetical protein  26.79 
 
 
302 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.450686  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4903  domain of unknown function DUF1731  25.38 
 
 
314 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.810093  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  30.04 
 
 
329 aa  56.6  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.46 
 
 
304 aa  57  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.14574  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>