More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7121 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7121  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 
320 aa  656    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0306023  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.71 
 
 
308 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
308 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
311 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
308 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
311 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
318 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.77 
 
 
300 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.08 
 
 
306 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.34 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
307 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
305 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.14 
 
 
308 aa  142  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
308 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.33 
 
 
304 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 
306 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 
307 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.68 
 
 
307 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 
303 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
312 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.83 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
304 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2316  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.31 
 
 
298 aa  136  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
299 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 
296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  32.89 
 
 
312 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
290 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 
290 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.77 
 
 
303 aa  135  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.47 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
317 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
300 aa  133  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0722  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
307 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4366  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6055  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
297 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0813453  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.98 
 
 
300 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5691  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
297 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  31.53 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
292 aa  129  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.37 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.55 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
298 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.07 
 
 
310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
316 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>