More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1366 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  44.19 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  40.07 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 311 aa  192  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.25 
 
 		 314 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.27 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.43 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  36.39 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.68 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.45 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.47 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1784  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.410504  normal  0.0984791 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 287 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  35.55 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 312 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.12 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>