More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_1784 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1784  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.410504  normal  0.0984791 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 311 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.55 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  45.15 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 311 aa  172  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  35.35 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0613  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.43 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.09 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.09 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.76 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.64 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.67 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.8 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.98 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0997  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>