More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5038 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  100 
 
 		 337 aa  684    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  52.87 
 
 		 356 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  51.82 
 
 		 358 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  50.74 
 
 		 349 aa  345  8e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  49.7 
 
 		 336 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  46.87 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  48.57 
 
 		 338 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  48.57 
 
 		 338 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  47.76 
 
 		 345 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  47.76 
 
 		 345 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  47.18 
 
 		 335 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  44.51 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1589  alanine racemase  47.56 
 
 		 348 aa  275  8e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000384981  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.09 
 
 		 382 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1317  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 359 aa  242  5e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.914568 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 351 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 351 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 351 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 351 aa  215  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  39.42 
 
 		 347 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  37.34 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  38.19 
 
 		 355 aa  209  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  38.87 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 340 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 331 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  34.71 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  37.1 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 364 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  38.59 
 
 		 335 aa  195  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 344 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.98 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 340 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 357 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  33.44 
 
 		 337 aa  190  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  36.17 
 
 		 364 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  35.38 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2586  regulatory protein LacI  32.62 
 
 		 339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00126886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2574  regulatory protein LacI  32.62 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00791784  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2532  regulatory protein LacI  32.62 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000782383  normal  0.6775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2486  regulatory protein, LacI  32.62 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2695  regulatory protein LacI  32.62 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0362196  normal  0.839306 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2346  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 341 aa  182  6e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 348 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 335 aa  182  9.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  34.24 
 
 		 342 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  34.63 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.48 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4299  regulatory protein, LacI  37.76 
 
 		 348 aa  180  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  32.58 
 
 		 335 aa  179  8e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.49 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.64 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  31.86 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.25 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 339 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.87 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  34.55 
 
 		 339 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2847  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000654986  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  32.82 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  33.87 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  30.33 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 348 aa  173  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  31 
 
 		 338 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  33.94 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  33.88 
 
 		 345 aa  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 335 aa  172  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  33.13 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  33.94 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  31.31 
 
 		 332 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  33.97 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 		 339 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 349 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 346 aa  169  9e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4745  transcriptional regulator IdnR  34.63 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.21306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0063  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 343 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  32.12 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 343 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>