More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3590 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_3590  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.67368  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3331  transcriptional regulator, RpiR family  87.63 
 
 		 299 aa  483  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  37.55 
 
 		 277 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2753  transcriptional regulator, RpiR family  31.29 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  20.43 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  25.56 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.82 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.53 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.44 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.97 
 
 		 331 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.89 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  25.99 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.74 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.34 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  26.78 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  25.48 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  24.77 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.23 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.93 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  24.89 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.21 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.76 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  25.68 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.9 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.73 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 639 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  22.74 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.24 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.77 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  21.4 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.71 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  25.9 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.74 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.74 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.73 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3437  RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.470052 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 642 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.71 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.86 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 642 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0717  transcriptional regulator protein  28.74 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4338  iron transport system regulatory protein FitR  28.42 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  25.96 
 
 		 256 aa  58.9  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3318  iron transport system regulatory protein FitR  28.89 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0873687 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 642 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.36 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>