More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0448 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 298 aa  603  1.0000000000000001e-171  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0094  amino acid ABC transporter periplasmic protein  64.62 
 
 		 300 aa  361  7.0000000000000005e-99  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.546217  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  62.15 
 
 		 284 aa  321  8e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2669  extracellular solute-binding protein  61.42 
 
 		 287 aa  315  6e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00514827  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  56.4 
 
 		 297 aa  297  2e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0290  acriflavine resistance protein  52.13 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0664  surface antigen, CjaA  50.53 
 
 		 285 aa  271  9e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0251747  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  48.44 
 
 		 279 aa  269  5e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  48.1 
 
 		 279 aa  268  1e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  47.75 
 
 		 279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  48.66 
 
 		 275 aa  261  1e-68  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0122  amino acid ABC transporter periplasmic protein  48.8 
 
 		 281 aa  244  1.9999999999999999e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  42.97 
 
 		 286 aa  225  9e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  42.57 
 
 		 286 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  41.43 
 
 		 283 aa  221  8e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  40.15 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3082  glutamine/glutamate ABC transporter, periplasmic glutamine/glutamate-binding protein  39.21 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.171544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  37.32 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1245  amino acid  35.48 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 		 271 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0438  antigenic protein  31.12 
 
 		 266 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.657093  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.44 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 266 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0520  amino acid  30.92 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 281 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0813  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  31.33 
 
 		 271 aa  124  1e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  unclonable  0.000000000481343  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.45 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.45 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  32.96 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.56 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.16 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.16 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  36.16 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  35.59 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  35.96 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  29.54 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.49 
 
 		 272 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  35.12 
 
 		 275 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  35.59 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  29.11 
 
 		 268 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 266 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 		 262 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  33.9 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0527  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.08 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000799284  normal  0.37581 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1497  extracellular solute-binding protein family 3  31.05 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 246 aa  106  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 		 273 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 		 265 aa  104  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  34.86 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  32.09 
 
 		 267 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  35.05 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0529  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.04 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.488243  hitchhiker  0.00197621 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.3 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.22 
 
 		 250 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.7 
 
 		 267 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 265 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 268 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 261 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 269 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.48 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  32.98 
 
 		 268 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  31.91 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3520  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548658  normal  0.231474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.98 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  34.93 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  29.65 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>