More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0228 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0228  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 465 aa  930    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1023  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.88 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.391562 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  45.05 
 
 		 536 aa  173  6.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 415 aa  111  3e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.62 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 429 aa  103  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  27.9 
 
 		 410 aa  101  3e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.18 
 
 		 448 aa  100  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 418 aa  99.8  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 471 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 428 aa  95.5  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  30.03 
 
 		 430 aa  95.1  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 389 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 404 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 451 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 419 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 390 aa  91.7  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  25.86 
 
 		 432 aa  90.5  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 417 aa  90.5  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 380 aa  90.5  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 489 aa  90.1  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 444 aa  90.1  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 430 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 410 aa  88.6  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 465 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 430 aa  87.4  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  25.88 
 
 		 419 aa  87  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 407 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 430 aa  87  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 429 aa  87  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 419 aa  86.7  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 392 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  25.58 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 		 466 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.12 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 442 aa  85.9  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  26.84 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.18 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 384 aa  82.8  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 405 aa  82.8  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 471 aa  82.8  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.84 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  25.89 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.89 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  26.84 
 
 		 371 aa  82.4  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.75 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.47 
 
 		 432 aa  82  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  25.83 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 453 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  25.63 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5050  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  25.63 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 		 423 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  27.95 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 429 aa  79.7  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 377 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 368 aa  78.2  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 404 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1965  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.455875 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  23.11 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.8 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  26.7 
 
 		 446 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.3 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.41 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 416 aa  77.8  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.66 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.62 
 
 		 453 aa  77  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  26.7 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  27.7 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  26.05 
 
 		 394 aa  76.6  0.0000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 493 aa  76.6  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 418 aa  76.6  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  26.7 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 		 481 aa  75.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  23.68 
 
 		 374 aa  76.3  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  24.5 
 
 		 421 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 424 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>