133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4531 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4531  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 217 aa  428  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6637  response regulator receiver protein  34.93 
 
 		 222 aa  88.2  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  28.5 
 
 		 450 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.23 
 
 		 446 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.23 
 
 		 446 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4160  transcriptional regulator, LuxR family  49.23 
 
 		 872 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6223  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.17 
 
 		 702 aa  51.6  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.611426  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0239  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.35 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  35.71 
 
 		 277 aa  50.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.73 
 
 		 840 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.294241  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.22 
 
 		 718 aa  48.9  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5036  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.23 
 
 		 296 aa  48.9  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05381  transcriptional dual regulator NarL  40.68 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.82 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 		 720 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.14 
 
 		 692 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00348549  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3409  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.49 
 
 		 221 aa  47.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000306896  hitchhiker  0.000114505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  43.64 
 
 		 253 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 951 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5261  competence protein A  30.56 
 
 		 213 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0293  transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 100 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0499337  normal  0.0433315 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0377  transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 134 aa  45.8  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 		 234 aa  45.4  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0187  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.87 
 
 		 199 aa  45.1  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  40.98 
 
 		 267 aa  45.1  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4136  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 82 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2469  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.126163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 221 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  31.52 
 
 		 1763 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1729  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 82 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00602837  normal  0.265991 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 541 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 		 608 aa  44.7  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  39.34 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4359  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 302 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2759  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 591 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.612299  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10690  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.92 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0565  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.04 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  35.94 
 
 		 216 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1300  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.91 
 
 		 215 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.145336  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  44.68 
 
 		 855 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1633  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 254 aa  43.5  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 254 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5412  transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 155 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207706  normal  0.221863 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 1559 aa  43.5  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.53 
 
 		 201 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4863  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 263 aa  43.9  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.937693  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2664  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 		 590 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191442  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.4 
 
 		 1785 aa  43.9  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.88 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1132  DNA-binding response regulator, LuxR family  23.62 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.893152  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.53 
 
 		 201 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0827  response regulator receiver protein  35.23 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.78 
 
 		 1379 aa  43.5  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06340  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.34 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 993 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000509  nitrate/nitrite response regulator protein  40 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 		 860 aa  43.5  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0564  two component LuxR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1162  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.130665  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0697  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 228 aa  43.1  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  38.71 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  34.85 
 
 		 217 aa  43.1  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5436  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 959 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00800009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  38.57 
 
 		 900 aa  43.5  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1238  competence protein A, putative  30.26 
 
 		 219 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00092764  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1035  two-component response regulator  30.26 
 
 		 219 aa  43.1  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00258137  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  26.79 
 
 		 1187 aa  43.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0483  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 87 aa  42.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.299787 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0066  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 		 773 aa  42.7  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.712477  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 781 aa  42.7  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 257 aa  42.7  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  23.16 
 
 		 3706 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.85 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 864 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.72 
 
 		 232 aa  42.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01320  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 261 aa  42.7  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.28 
 
 		 244 aa  43.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6527  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.01 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3488  response regulator receiver  32.88 
 
 		 229 aa  42.4  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.920048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.75 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.25 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.25 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.25 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.25 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.25 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 		 1023 aa  42.4  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  37.88 
 
 		 923 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38740  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.1 
 
 		 250 aa  42.7  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 246 aa  42.4  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21850  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  34.74 
 
 		 222 aa  42  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118113  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.08 
 
 		 916 aa  42  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 998 aa  42  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1565  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.98 
 
 		 200 aa  42  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>