More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2243 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
184 aa  360  9e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.37 
 
 
244 aa  193  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.91 
 
 
244 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.55 
 
 
245 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.2 
 
 
246 aa  187  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
246 aa  186  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.64 
 
 
255 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
245 aa  184  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
253 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
245 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
246 aa  181  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.27 
 
 
246 aa  181  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.89 
 
 
244 aa  180  8.000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
244 aa  180  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
246 aa  179  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  51.1 
 
 
246 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.8 
 
 
244 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.8 
 
 
244 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
237 aa  176  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
245 aa  175  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
248 aa  175  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  46.45 
 
 
252 aa  174  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 
252 aa  173  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
247 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.7 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
244 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
247 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.91 
 
 
252 aa  170  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
248 aa  167  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.45 
 
 
246 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.25 
 
 
244 aa  164  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
247 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
247 aa  158  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
247 aa  157  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
247 aa  157  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.8 
 
 
245 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.45 
 
 
317 aa  152  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
240 aa  151  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  150  7e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 
247 aa  150  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
248 aa  149  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  41.62 
 
 
255 aa  147  8e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  42.31 
 
 
245 aa  145  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
231 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
231 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
249 aa  143  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  38.92 
 
 
247 aa  140  7e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
259 aa  132  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
250 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  39.89 
 
 
258 aa  123  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
252 aa  121  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  37.3 
 
 
247 aa  121  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  39.89 
 
 
1270 aa  120  9.999999999999999e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.78 
 
 
230 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
242 aa  117  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.51 
 
 
239 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
249 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.12 
 
 
258 aa  115  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  34.97 
 
 
1367 aa  114  6.9999999999999995e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
250 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  33.33 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
247 aa  112  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  35.8 
 
 
239 aa  111  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.53 
 
 
239 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
254 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  29.19 
 
 
243 aa  108  4.0000000000000004e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.14 
 
 
256 aa  108  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.95 
 
 
239 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
241 aa  107  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
257 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
256 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
267 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.110488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.8 
 
 
243 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
257 aa  106  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
239 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
295 aa  105  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
253 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 
273 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
254 aa  105  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
255 aa  105  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
267 aa  104  8e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  32.28 
 
 
257 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  32.28 
 
 
257 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
243 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
243 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
251 aa  102  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
251 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
251 aa  102  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
238 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
248 aa  102  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
243 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
270 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4598  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.35 
 
 
248 aa  102  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000194485  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
252 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.64 
 
 
244 aa  102  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>