144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_1030 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
527 aa  990    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.42 
 
 
275 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  55.8 
 
 
153 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.38 
 
 
150 aa  152  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.2 
 
 
150 aa  138  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.35 
 
 
133 aa  137  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.74 
 
 
159 aa  137  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.17 
 
 
157 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.62 
 
 
136 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.46 
 
 
139 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.26 
 
 
155 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  55.46 
 
 
139 aa  118  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
132 aa  97.4  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  50 
 
 
132 aa  96.7  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.32 
 
 
126 aa  77.4  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 
121 aa  77.4  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.78 
 
 
121 aa  75.1  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.48 
 
 
228 aa  72.4  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.89 
 
 
176 aa  71.6  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
212 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.87 
 
 
207 aa  68.9  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.89 
 
 
121 aa  67.8  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  35.92 
 
 
118 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.66 
 
 
251 aa  66.6  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.61 
 
 
297 aa  65.1  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.84 
 
 
144 aa  63.9  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  41.33 
 
 
118 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  36.22 
 
 
228 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
118 aa  63.2  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
118 aa  63.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
118 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
124 aa  62.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  33.05 
 
 
134 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.9 
 
 
134 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.06 
 
 
231 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.5 
 
 
118 aa  61.2  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  40.37 
 
 
110 aa  60.8  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.58 
 
 
138 aa  60.8  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  44 
 
 
158 aa  60.8  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 
216 aa  60.8  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.58 
 
 
123 aa  60.5  0.00000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.4 
 
 
143 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.76 
 
 
154 aa  60.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  47.76 
 
 
154 aa  60.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.97 
 
 
120 aa  60.1  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.1 
 
 
120 aa  60.1  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
253 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
118 aa  59.3  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
132 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.33 
 
 
121 aa  58.2  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
138 aa  58.2  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.51 
 
 
258 aa  57.8  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1313  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.75 
 
 
130 aa  57.8  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.67 
 
 
138 aa  57.8  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
140 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  57.8  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.33 
 
 
149 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.41 
 
 
120 aa  57.4  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0397  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.81 
 
 
348 aa  57.4  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.411835 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
143 aa  57.4  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
257 aa  57.4  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
144 aa  57.4  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  35 
 
 
129 aa  57.4  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 
120 aa  57.4  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
120 aa  57  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.9 
 
 
139 aa  57  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.9 
 
 
139 aa  57  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  41.33 
 
 
138 aa  57  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.58 
 
 
429 aa  57  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.33 
 
 
118 aa  57  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
134 aa  57  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  50 
 
 
122 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  35.14 
 
 
127 aa  56.6  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
138 aa  56.2  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
118 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.07 
 
 
122 aa  56.6  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  42.67 
 
 
146 aa  56.6  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
138 aa  55.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.8 
 
 
223 aa  55.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
269 aa  55.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
120 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
146 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  40 
 
 
134 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36 
 
 
120 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.67 
 
 
139 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.04 
 
 
104 aa  55.5  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
139 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
112 aa  55.1  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 
150 aa  55.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  41.33 
 
 
138 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
138 aa  55.1  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
121 aa  54.7  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.29 
 
 
118 aa  54.7  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  41.33 
 
 
136 aa  53.9  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.28 
 
 
281 aa  54.3  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  41.33 
 
 
133 aa  53.9  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.33 
 
 
142 aa  54.3  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.88 
 
 
229 aa  53.9  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>