More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0793 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  89.31 
 
 		 290 aa  505  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  62.41 
 
 		 290 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  59.11 
 
 		 290 aa  333  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  42.2 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 288 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  41.84 
 
 		 288 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 288 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 290 aa  211  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  42.12 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  43.34 
 
 		 295 aa  208  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 295 aa  208  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.86 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  40 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.02 
 
 		 287 aa  198  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.02 
 
 		 287 aa  198  9e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 287 aa  195  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  192  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 292 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  38.35 
 
 		 292 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.72 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.28 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 292 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.02 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  36.36 
 
 		 277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2302  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.418685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1543  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  35 
 
 		 287 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  34.62 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  34.77 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.07 
 
 		 603 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 603 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 603 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 603 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 603 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5695  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00418313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.94 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.04 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0907  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.794087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.33 
 
 		 308 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 338 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3399  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0293629 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1973  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1523  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00164732  normal  0.617596 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>