More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1908 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1908  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 440 aa  875    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00117224  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1932  amino acid transporter  72.73 
 
 		 437 aa  643    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.392371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00403  Amino acid permease-associated region  66.29 
 
 		 441 aa  601  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.613152  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2108  amino acid permease-associated region  59.55 
 
 		 445 aa  527  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0129  amino acid permease-associated region  58.54 
 
 		 451 aa  520  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0181  amino acid permease-associated region  57.44 
 
 		 443 aa  478  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3604  amino acid permease-associated region  54.99 
 
 		 445 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.466276 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3942  amino acid permease-associated region  54.99 
 
 		 445 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1735  amino acid permease-associated region  46.26 
 
 		 452 aa  364  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.51734  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2649  amino acid permease-associated region  46.77 
 
 		 450 aa  349  7e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2694  amino acid permease-associated region  46.77 
 
 		 450 aa  349  7e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0425419 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2678  amino acid permease-associated region  46.04 
 
 		 420 aa  315  8e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0723531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00437  predicted transporter  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.936072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3124  amino acid permease-associated region  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554048  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0579  amino acid permease family protein  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0525  amino acid permease family protein  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3130  amino acid permease-associated region  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0286434  hitchhiker  0.000108674 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00442  hypothetical protein  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0565  amino acid permease family protein  30.73 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0529  amino acid permease family protein  30.73 
 
 		 430 aa  160  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0421  amino acid permease family protein  30.48 
 
 		 430 aa  156  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0069  amino acid transporter  29.79 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.266806  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0717  amino acid permease-associated region  28.31 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.00000167398  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0278  amino acid permease-associated region  29.15 
 
 		 434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1136  amino acid permease-associated region  29.54 
 
 		 447 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.304278 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1315  amino acid permease-associated region  26.85 
 
 		 441 aa  118  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.172576  normal  0.0920117 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0803  amino acid transporter  32.28 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1066  amino acid permease-associated region  30.53 
 
 		 425 aa  100  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1272  amino acid permease-associated region  25.53 
 
 		 431 aa  99.4  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0357  hypothetical protein  26.43 
 
 		 394 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0333  hypothetical protein  26.27 
 
 		 394 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  27.99 
 
 		 422 aa  91.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  27.35 
 
 		 443 aa  92.4  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  29.57 
 
 		 439 aa  89.7  9e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  27.01 
 
 		 716 aa  88.2  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1055  amino acid permease-associated region  30.67 
 
 		 427 aa  89  2e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.123493  hitchhiker  0.0000000766356 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  27.37 
 
 		 770 aa  87.8  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2434  amino acid transporter  27.3 
 
 		 446 aa  86.3  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  26.92 
 
 		 436 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0070  amino acid transporter  31.51 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.462473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3650  putative amino acid permease  27.1 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.171718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1733  amino acid permease-associated region  27.36 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0204884 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.61 
 
 		 486 aa  80.1  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  26.12 
 
 		 453 aa  79.3  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  23.36 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2379  amino acid permease-associated region  27.71 
 
 		 437 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0365952 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1584  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 796 aa  77.8  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3324  amino acid permease-associated region  32.22 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3419  putative amino acid permease  25.47 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  24.2 
 
 		 474 aa  75.9  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  26.71 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2106  amino acid permease family protein  28.99 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1252  amino acid permease-associated region  27.29 
 
 		 481 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  25.44 
 
 		 461 aa  75.1  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2897  amino acid permease  28.99 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0279038  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3131  amino acid permease family protein  28.62 
 
 		 471 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1318  amino acid transporter  25.52 
 
 		 461 aa  74.7  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00693769  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  25.56 
 
 		 449 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1905  amino acid permease-associated region  28.45 
 
 		 812 aa  74.3  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3097  amino acid permease-associated region  26.02 
 
 		 502 aa  74.3  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0128  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 443 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  29.21 
 
 		 455 aa  73.9  0.000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1457  amino acid permease-associated region  24.77 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3228  amino acid permease-associated region  26.07 
 
 		 473 aa  73.6  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  28.69 
 
 		 745 aa  73.2  0.000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3163  amino acid permease family protein  28.26 
 
 		 471 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2221  amino acid permease-associated region  26.9 
 
 		 495 aa  73.2  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000300523  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2849  amino acid permease  28.26 
 
 		 471 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.714889  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  27.73 
 
 		 786 aa  73.2  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  28.72 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4427  amino acid permease-associated region  26.77 
 
 		 452 aa  73.2  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.181856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  22.93 
 
 		 500 aa  72.8  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23590  amino acid transporter  24.13 
 
 		 454 aa  72.8  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.160802 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1710  amino acid permease-associated region  26.26 
 
 		 418 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000301061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  27.55 
 
 		 449 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.19 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1779  hypothetical protein  25.77 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3911  amino acid permease-associated region  24.67 
 
 		 452 aa  71.2  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0059  amino acid permease-associated region  24.68 
 
 		 493 aa  70.9  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.32682  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5386  amino acid permease-associated region  27.13 
 
 		 483 aa  70.5  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4951  amino acid permease-associated region  26.14 
 
 		 470 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0545959  normal  0.179686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.72 
 
 		 456 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0321  amino acid permease  24.43 
 
 		 753 aa  69.7  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7626  amino acid permease-associated region  26.36 
 
 		 455 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.452611  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3301  amino acid permease-associated region  23.86 
 
 		 483 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.475008  hitchhiker  0.00374937 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4568  amino acid permease-associated region  26.72 
 
 		 470 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4656  amino acid permease-associated region  26.72 
 
 		 470 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.465533  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  24.72 
 
 		 471 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  26.1 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2730  amino acid permease-associated region  24.62 
 
 		 725 aa  68.2  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.207919  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  23.92 
 
 		 454 aa  68.2  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1945  amino acid permease-associated region  25.43 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0388376  normal  0.012514 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  23.47 
 
 		 513 aa  68.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2530  amino acid permease-associated region  23.98 
 
 		 449 aa  68.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.480015  normal  0.105308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0993  amino acid permease-associated region  24.41 
 
 		 473 aa  67.8  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  25.26 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15324  predicted protein  26.69 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.101081  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  24.39 
 
 		 471 aa  67  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>