More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3437 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  66.94 
 
 		 494 aa  652    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 492 aa  1000    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  62.24 
 
 		 489 aa  599  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  58.26 
 
 		 493 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  51.55 
 
 		 492 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.69 
 
 		 479 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.92 
 
 		 492 aa  498  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  45.67 
 
 		 509 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  45.55 
 
 		 508 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 		 495 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  44.22 
 
 		 508 aa  424  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 		 497 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  46.38 
 
 		 496 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  46.38 
 
 		 496 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  44.68 
 
 		 495 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  43.5 
 
 		 497 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  44.6 
 
 		 502 aa  402  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  43.66 
 
 		 495 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  40.8 
 
 		 503 aa  346  5e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  37.71 
 
 		 501 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  39.23 
 
 		 499 aa  301  1e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  38.57 
 
 		 506 aa  298  1e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  35.27 
 
 		 507 aa  292  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26350  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  37.53 
 
 		 526 aa  289  7e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.228589 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  35.48 
 
 		 507 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  32.97 
 
 		 505 aa  254  3e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 522 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0919  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  30.55 
 
 		 539 aa  222  9.999999999999999e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.654123  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 563 aa  209  8e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 512 aa  209  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 512 aa  209  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 512 aa  209  1e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 510 aa  203  5e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  34.2 
 
 		 520 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  31.34 
 
 		 505 aa  199  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.48 
 
 		 510 aa  194  3e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 		 511 aa  193  5e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 		 515 aa  192  9e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 		 544 aa  192  9e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  30.66 
 
 		 541 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 		 510 aa  191  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 534 aa  189  8e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 521 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  34.05 
 
 		 519 aa  187  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  33.12 
 
 		 512 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  32.55 
 
 		 523 aa  187  5e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  33.26 
 
 		 512 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  33.26 
 
 		 512 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  33.26 
 
 		 512 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  32.55 
 
 		 512 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  31.28 
 
 		 509 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  31.48 
 
 		 556 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 510 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 		 503 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  31.44 
 
 		 565 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 509 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.32 
 
 		 535 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  31.13 
 
 		 522 aa  182  9.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  30.89 
 
 		 526 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  31.36 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.1 
 
 		 531 aa  179  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 		 495 aa  179  8e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.44 
 
 		 524 aa  179  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 		 519 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 538 aa  178  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 531 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  29.46 
 
 		 544 aa  177  3e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  33.11 
 
 		 528 aa  177  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 528 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 535 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 		 531 aa  176  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.24 
 
 		 517 aa  176  7e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  29.84 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  34.43 
 
 		 532 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.39 
 
 		 512 aa  175  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  31.25 
 
 		 514 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 528 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  29.29 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 		 512 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  31.29 
 
 		 514 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 		 540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  34.09 
 
 		 540 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  29.06 
 
 		 509 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  30.07 
 
 		 524 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.64 
 
 		 526 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.57 
 
 		 535 aa  173  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.57 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  30.31 
 
 		 521 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.36 
 
 		 535 aa  172  9e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.44 
 
 		 526 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  34.38 
 
 		 540 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.44 
 
 		 526 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.44 
 
 		 526 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>