More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2772 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1355  glycosyl transferase family protein  57.21 
 
 		 674 aa  655    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.186022  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  54.05 
 
 		 679 aa  663    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0013  penicillin-binding protein 1C  57.79 
 
 		 674 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0471043 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0023  penicillin-binding protein 1C  56.99 
 
 		 674 aa  673    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2772  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 690 aa  1360    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0637  penicillin-binding protein 1C  53.93 
 
 		 683 aa  601  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.405443  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  48.36 
 
 		 684 aa  566  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  48.5 
 
 		 745 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  48.85 
 
 		 680 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0258  penicillin-binding protein 1C  48.54 
 
 		 699 aa  560  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  48.85 
 
 		 692 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  50 
 
 		 696 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  49.23 
 
 		 750 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  47.27 
 
 		 706 aa  554  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  48.63 
 
 		 696 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  48.31 
 
 		 693 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  48.35 
 
 		 731 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3446  penicillin-binding protein 1C  46.99 
 
 		 695 aa  545  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  48.4 
 
 		 706 aa  535  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3922  penicillin-binding protein  46.96 
 
 		 695 aa  534  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.731246  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1396  penicillin-binding protein 1C  49.39 
 
 		 767 aa  521  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279545 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0605  penicillin-binding protein 1C  47.23 
 
 		 691 aa  518  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  48.1 
 
 		 704 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0405  penicillin-binding protein 1C  50 
 
 		 699 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00905597  normal  0.606283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1671  penicillin-binding protein 1C  48.25 
 
 		 733 aa  513  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.60886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1733  penicillin-binding protein 1C  47.5 
 
 		 705 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0777193  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0912  penicillin-binding protein 1C  49.62 
 
 		 710 aa  504  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108824  normal  0.087359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0105  penicillin-binding protein 1C  46.39 
 
 		 706 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0269  penicillin-binding protein 1C  42.11 
 
 		 734 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1160  penicillin-binding protein 1C  43.57 
 
 		 686 aa  402  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.215949  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1435  bifunctional penicillin-binding protein 1C precursor  44.84 
 
 		 794 aa  395  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.443847  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1366  penicillin-binding protein 1C  45.02 
 
 		 794 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0369246  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  45.45 
 
 		 780 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0107  penicillin-binding protein 1C  41 
 
 		 762 aa  393  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2472  penicillin-binding protein 1C  47.37 
 
 		 799 aa  388  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462783 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  43.6 
 
 		 774 aa  385  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  38.73 
 
 		 807 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  42.78 
 
 		 770 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  43.67 
 
 		 770 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  45.13 
 
 		 771 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  43.67 
 
 		 770 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3022  penicillin-binding protein 1C  42.88 
 
 		 793 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.505998 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  42.78 
 
 		 770 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  44.22 
 
 		 770 aa  382  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  40.63 
 
 		 770 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  41.04 
 
 		 770 aa  382  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  45.13 
 
 		 771 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3968  penicillin-binding protein  39.28 
 
 		 790 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337015  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  44.94 
 
 		 771 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  43.35 
 
 		 770 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  45.32 
 
 		 771 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  43.67 
 
 		 770 aa  379  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  44.94 
 
 		 771 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0611  penicillin-binding protein 1C  44.04 
 
 		 784 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4387  penicillin-binding protein 1C  43.76 
 
 		 782 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0572  penicillin-binding protein 1C  44.04 
 
 		 784 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  35.86 
 
 		 770 aa  365  2e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0068  penicillin-binding protein 1C  41.45 
 
 		 680 aa  365  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  46.86 
 
 		 774 aa  364  4e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4847  penicillin-binding protein  45.04 
 
 		 782 aa  363  6e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0617  penicillin-binding protein 1C  43.77 
 
 		 784 aa  362  9e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.701974  normal  0.0771525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4592  penicillin-binding protein 1C  44.66 
 
 		 784 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0233923 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  42.14 
 
 		 774 aa  360  7e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  36.33 
 
 		 766 aa  322  9.999999999999999e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  36.52 
 
 		 816 aa  321  1.9999999999999998e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  34.58 
 
 		 774 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1901  glycosyl transferase family 51  34.56 
 
 		 688 aa  311  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2254  penicillin-binding protein 1C, putative  34.56 
 
 		 688 aa  311  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.531479  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  38.22 
 
 		 780 aa  306  6e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  35.96 
 
 		 787 aa  302  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1635  hypothetical protein  34.43 
 
 		 775 aa  302  2e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  35.96 
 
 		 787 aa  302  2e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  35.96 
 
 		 787 aa  302  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1629  hypothetical protein  34.07 
 
 		 772 aa  299  1e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  37.21 
 
 		 793 aa  295  3e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  35.06 
 
 		 797 aa  293  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2143  penicillin-binding protein  33.4 
 
 		 765 aa  288  2.9999999999999996e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  35.33 
 
 		 794 aa  280  6e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  32.55 
 
 		 734 aa  280  7e-74  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1530  penicillin-binding protein 1C  32.21 
 
 		 764 aa  272  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  34.52 
 
 		 760 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  34.45 
 
 		 762 aa  267  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  34.28 
 
 		 760 aa  266  7e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  32.28 
 
 		 724 aa  264  4e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  33.57 
 
 		 719 aa  263  6e-69  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5133  penicillin-binding protein 1C  35.63 
 
 		 809 aa  263  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.391992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1293  penicillin-binding protein 1C  35.2 
 
 		 772 aa  263  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3235  penicillin-binding protein 1C  35.63 
 
 		 809 aa  263  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  34.1 
 
 		 760 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  35.27 
 
 		 809 aa  261  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  32.51 
 
 		 798 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  34.46 
 
 		 804 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  31.48 
 
 		 722 aa  251  3e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  28.62 
 
 		 716 aa  249  1e-64  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  32.39 
 
 		 762 aa  246  9.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0309  penicillin-binding protein 1C  31.83 
 
 		 792 aa  244  3.9999999999999997e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  38.24 
 
 		 779 aa  231  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2518  glycosyl transferase family 51  29.44 
 
 		 857 aa  230  6e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011285  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2871  1A family penicillin-binding protein  35.51 
 
 		 860 aa  227  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  34.57 
 
 		 727 aa  226  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>