More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2397 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  100 
 
 
355 aa  725  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  7.06535e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4833  peptide chain release factor 1  68.47 
 
 
355 aa  504  1e-142  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.63816e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0064  peptide chain release factor 1  66.76 
 
 
355 aa  492  1e-138  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  7.29315e-09  hitchhiker  0.00306425 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  66.2 
 
 
356 aa  491  1e-138  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  63.66 
 
 
356 aa  491  1e-138  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2872  peptide chain release factor 1 (bRF-1)  62.54 
 
 
357 aa  468  1e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  4.16881e-11  hitchhiker  3.05481e-10 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2154  peptide chain release factor 1  63.38 
 
 
355 aa  469  1e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  5.09235e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  58.64 
 
 
359 aa  465  1e-130  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1713  peptide chain release factor 1  62.04 
 
 
355 aa  463  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0456393  normal  0.957916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  60.97 
 
 
360 aa  451  1e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.61971e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  60.23 
 
 
360 aa  452  1e-126  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  7.99175e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  60.23 
 
 
360 aa  452  1e-126  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  3.28118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17970  peptide chain release factor 1  61.86 
 
 
358 aa  448  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.77535e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  59.26 
 
 
356 aa  448  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5421  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
358 aa  445  1e-124  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8659e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5507  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
358 aa  445  1e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.04378e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5127  peptide chain release factor 1  57.83 
 
 
355 aa  446  1e-124  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  4.88952e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5572  peptide chain release factor 1  57.55 
 
 
355 aa  447  1e-124  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.00734e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  59.04 
 
 
355 aa  445  1e-124  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5500  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
358 aa  447  1e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  2.10571e-09  unclonable  8.0628e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5029  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
358 aa  445  1e-124  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  3.28302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5178  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
358 aa  445  1e-124  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  1.38678e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5013  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 
358 aa  445  1e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.02063e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5456  peptide chain release factor 1  57.55 
 
 
355 aa  447  1e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  1.28855e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5452  peptide chain release factor 1  56.98 
 
 
358 aa  443  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  5.02201e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0472  peptide chain release factor 1  58.87 
 
 
356 aa  441  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.57905e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  57.83 
 
 
359 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3850  peptide chain release factor 1  57.55 
 
 
355 aa  444  1e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.69919e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2083  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 
356 aa  442  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  9.63425e-09  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3322  peptide chain release factor 1  60.56 
 
 
358 aa  438  1e-122  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.42042e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1654  peptide chain release factor 1  60.51 
 
 
355 aa  435  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  57.34 
 
 
367 aa  432  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  59.49 
 
 
361 aa  432  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  58.64 
 
 
353 aa  430  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 
359 aa  428  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 
357 aa  430  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6577  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 
363 aa  428  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.940895 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0094  peptide chain release factor 1  60.56 
 
 
356 aa  426  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.494548  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  57.67 
 
 
357 aa  425  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 
356 aa  424  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  57.67 
 
 
359 aa  425  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  55.68 
 
 
355 aa  424  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  55.68 
 
 
355 aa  423  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0063  peptide chain release factor 1  62.99 
 
 
355 aa  421  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  3.18273e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2780  peptide chain release factor 1  61.93 
 
 
356 aa  420  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.014775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0452  peptide chain release factor 1  52.26 
 
 
362 aa  414  1e-115  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  56.82 
 
 
355 aa  416  1e-115  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2984  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 
357 aa  411  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  56.82 
 
 
354 aa  413  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0414  peptide chain release factor 1  58.31 
 
 
358 aa  410  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.01474e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2530  peptide chain release factor 1  59.32 
 
 
360 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0980  peptide chain release factor 1  55.21 
 
 
360 aa  409  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  5.72262e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 
355 aa  409  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4995  peptide chain release factor 1  54.11 
 
 
357 aa  405  1e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706833  normal  0.116267 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  59.38 
 
 
357 aa  407  1e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2489  peptide chain release factor 1  55.77 
 
 
361 aa  407  1e-112  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3435  peptide chain release factor 1  59.15 
 
 
358 aa  406  1e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2029  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 
358 aa  403  1e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2154  peptide chain release factor 1  56.06 
 
 
358 aa  404  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.659693  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1725  peptide chain release factor 1  55.21 
 
 
358 aa  401  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00127994  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0702  peptide chain release factor 1  54.67 
 
 
355 aa  403  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.759041 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2192  peptide chain release factor 1  56.06 
 
 
358 aa  404  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.267751  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2449  peptide chain release factor 1  57.75 
 
 
359 aa  403  1e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  55.11 
 
 
362 aa  403  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.01734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1248  peptide chain release factor 1  49.44 
 
 
362 aa  399  1e-110  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0753  peptide chain release factor 1  53.11 
 
 
358 aa  400  1e-110  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.76457e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  53.8 
 
 
361 aa  399  1e-110  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.99484e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  53.8 
 
 
361 aa  399  1e-110  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  53.98 
 
 
360 aa  398  1e-110  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  51.86 
 
 
363 aa  401  1e-110  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  53.98 
 
 
360 aa  399  1e-110  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  53.69 
 
 
360 aa  397  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004203  peptide chain release factor 1  53.98 
 
 
362 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0254288  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  54.55 
 
 
361 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  53.3 
 
 
360 aa  394  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  53.69 
 
 
362 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_993  peptide chain release factor 1  53.52 
 
 
355 aa  395  1e-109  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.394955  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1805  peptide chain release factor 1  54.57 
 
 
355 aa  396  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0117611  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0790  peptide chain release factor 1  53.3 
 
 
362 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  54.26 
 
 
360 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  55.08 
 
 
359 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  54.26 
 
 
360 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0793  peptide chain release factor 1  50.28 
 
 
359 aa  391  1e-108  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.510985  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  55.4 
 
 
361 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 
363 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_002936  DET1210  peptide chain release factor 1  53.24 
 
 
355 aa  393  1e-108  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2429  peptide chain release factor 1  54.06 
 
 
364 aa  391  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0447766  normal  0.0852947 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  53.41 
 
 
360 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  53.98 
 
 
360 aa  392  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  54.83 
 
 
360 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0615  peptide chain release factor 1  58.76 
 
 
358 aa  394  1e-108  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3178  peptide chain release factor 1  54.37 
 
 
361 aa  392  1e-108  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000107568  normal  0.412764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  53.12 
 
 
360 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0196  peptide chain release factor 1  52.56 
 
 
357 aa  392  1e-108  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.284546  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  54.26 
 
 
360 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4104  peptide chain release factor 1  52.41 
 
 
357 aa  393  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0740  peptide chain release factor 1  54.57 
 
 
355 aa  388  1e-107  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.759458  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  51.99 
 
 
360 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  54.7 
 
 
360 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3685  peptide chain release factor 1  53.98 
 
 
361 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369473  normal  0.712251 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>