More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1444 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  100 
 
 
357 aa  731    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  81.97 
 
 
357 aa  624  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  73.16 
 
 
356 aa  560  1e-158  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2984  peptide chain release factor 1  72.27 
 
 
357 aa  532  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2083  peptide chain release factor 1  65.63 
 
 
356 aa  488  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000963425  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  64.31 
 
 
356 aa  481  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  64.67 
 
 
353 aa  478  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  62.82 
 
 
355 aa  464  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  62.89 
 
 
356 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  60.85 
 
 
355 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  61.69 
 
 
355 aa  450  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  62.25 
 
 
359 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  61.97 
 
 
359 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1713  peptide chain release factor 1  59.94 
 
 
355 aa  441  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0456393  normal  0.957916 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  58.97 
 
 
361 aa  438  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  60.11 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  58.97 
 
 
361 aa  438  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  60 
 
 
354 aa  438  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  60.62 
 
 
361 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  59.72 
 
 
355 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  60.28 
 
 
363 aa  437  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  57.3 
 
 
359 aa  433  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 
357 aa  433  1e-120  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  57.34 
 
 
359 aa  431  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2563  peptide chain release factor 1  59.21 
 
 
362 aa  433  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.273749  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004203  peptide chain release factor 1  55.9 
 
 
362 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0254288  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2154  peptide chain release factor 1  61.08 
 
 
355 aa  430  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000509235  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  60.4 
 
 
360 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  58.71 
 
 
360 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
363 aa  431  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  56.18 
 
 
362 aa  428  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  59.26 
 
 
360 aa  430  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  59.38 
 
 
355 aa  430  1e-119  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  60.31 
 
 
360 aa  429  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000361971  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  58.52 
 
 
355 aa  429  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  55.06 
 
 
362 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801734  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  61.14 
 
 
360 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  61.03 
 
 
359 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2872  peptide chain release factor 1 (bRF-1)  58.36 
 
 
357 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000416881  hitchhiker  0.000000000305481 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  57.38 
 
 
360 aa  426  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000799175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  57.38 
 
 
360 aa  426  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  55.62 
 
 
360 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  58.17 
 
 
367 aa  422  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  58.64 
 
 
360 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0472  peptide chain release factor 1  58.03 
 
 
356 aa  423  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257905  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3816  peptide chain release factor 1  61.32 
 
 
359 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 
356 aa  422  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4833  peptide chain release factor 1  58.31 
 
 
355 aa  424  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263816  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  57.87 
 
 
363 aa  421  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  55.06 
 
 
360 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  56.74 
 
 
361 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  56.03 
 
 
362 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  56.03 
 
 
362 aa  421  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  56.94 
 
 
360 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  55.9 
 
 
360 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  55.06 
 
 
360 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  58.47 
 
 
360 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  59.55 
 
 
361 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0064  peptide chain release factor 1  58.36 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000729315  hitchhiker  0.00306425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1036  peptide chain release factor 1  60.17 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.125967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1869  peptide chain release factor 1  59.6 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6577  peptide chain release factor 1  56.25 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.940895 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  59.2 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  57.06 
 
 
360 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1800  peptide chain release factor 1  59.6 
 
 
377 aa  414  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  59.03 
 
 
360 aa  415  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  54.78 
 
 
360 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  57.3 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2999  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3737  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0200456  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3599  peptide chain release factor 1  58.57 
 
 
362 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0136  peptide chain release factor 1  57.3 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.056338  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  57.42 
 
 
360 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2489  peptide chain release factor 1  56.09 
 
 
361 aa  412  1e-114  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  56.66 
 
 
360 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0148  peptide chain release factor 1  56.74 
 
 
359 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.570569  normal  0.18601 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0696  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
363 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0264279  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3955  peptide chain release factor 1  60 
 
 
359 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3614  peptide chain release factor 1  56.34 
 
 
363 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000815596  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3546  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
363 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00646422  hitchhiker  0.0000410243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 
360 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  58.12 
 
 
360 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  57.31 
 
 
361 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2912  peptide chain release factor 1  55.14 
 
 
361 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107492  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  56.94 
 
 
360 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3459  peptide chain release factor 1  55.14 
 
 
361 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.439809  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0377  peptide chain release factor 1  56.9 
 
 
358 aa  408  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117375  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 
360 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0920  peptide chain release factor 1  54.21 
 
 
361 aa  411  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000562935  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1529  peptide chain release factor 1  55.71 
 
 
361 aa  410  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3126  peptide chain release factor 1  55.43 
 
 
361 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000819953  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0359  peptide chain release factor 1  57.02 
 
 
359 aa  409  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  57.58 
 
 
360 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1248  peptide chain release factor 1  52.25 
 
 
362 aa  408  1e-113  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>