More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4104 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4104  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 357 aa  730    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4995  peptide chain release factor 1  78.71 
 
 		 357 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706833  normal  0.116267 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3706  peptide chain release factor 1  70.06 
 
 		 359 aa  537  1e-151  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0702  peptide chain release factor 1  64.12 
 
 		 355 aa  498  1e-140  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.759041 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4117  peptide chain release factor 1  59.38 
 
 		 357 aa  461  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0440  peptide chain release factor 1  61.58 
 
 		 354 aa  458  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2309  peptide chain release factor 1  59.1 
 
 		 358 aa  450  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.321803  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1953  peptide chain release factor 1  58.03 
 
 		 357 aa  439  9.999999999999999e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0074  peptide chain release factor 1  57.91 
 
 		 361 aa  431  1e-119  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  56.25 
 
 		 356 aa  428  1e-119  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0083  peptide chain release factor 1  55.24 
 
 		 357 aa  429  1e-119  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13608  peptide chain release factor 1  55.81 
 
 		 358 aa  426  1e-118  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  52.97 
 
 		 359 aa  418  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6577  peptide chain release factor 1  52.97 
 
 		 363 aa  412  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.940895 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4213  peptide chain release factor 1  54.24 
 
 		 372 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.42192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0010  peptide chain release factor 1  52.12 
 
 		 357 aa  409  1e-113  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.116962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0414  peptide chain release factor 1  55.56 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000401474  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2682  peptide chain release factor 1  56.09 
 
 		 357 aa  410  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  52.84 
 
 		 357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0078  peptide chain release factor 1  52.12 
 
 		 357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  54.52 
 
 		 355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0366  peptide chain release factor 1  53.39 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.200814  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0394  peptide chain release factor 1  53.48 
 
 		 370 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.462298  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0064  peptide chain release factor 1  56.34 
 
 		 355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000729315  hitchhiker  0.00306425 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0396  peptide chain release factor 1  53.2 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  53.09 
 
 		 356 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0075  peptide chain release factor 1  52.68 
 
 		 358 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  53.09 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  53.51 
 
 		 357 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  53.94 
 
 		 360 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  51.41 
 
 		 359 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  54.15 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000361971  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  54.23 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  56.19 
 
 		 359 aa  394  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  53.94 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  54.81 
 
 		 362 aa  395  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801734  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  53.94 
 
 		 360 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  52.56 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2872  peptide chain release factor 1 (bRF-1)  51.84 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000416881  hitchhiker  0.000000000305481 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0119  peptide chain release factor 1  54.8 
 
 		 357 aa  394  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  51.99 
 
 		 363 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  54.96 
 
 		 353 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  53.35 
 
 		 360 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  51.9 
 
 		 355 aa  390  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1654  peptide chain release factor 1  52.56 
 
 		 355 aa  390  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3850  peptide chain release factor 1  50.42 
 
 		 355 aa  388  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000369919  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 359 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  54.23 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2429  peptide chain release factor 1  52.39 
 
 		 364 aa  388  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0447766  normal  0.0852947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0599  peptide chain release factor 1  54.17 
 
 		 360 aa  391  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1529  peptide chain release factor 1  51.76 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2489  peptide chain release factor 1  52.56 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5456  peptide chain release factor 1  49.86 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000128855  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  51.29 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  51.29 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5127  peptide chain release factor 1  49.86 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000488952  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  53.06 
 
 		 362 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5572  peptide chain release factor 1  49.86 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100734  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2868  peptide chain release factor 1  51.55 
 
 		 364 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.290456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  52.74 
 
 		 363 aa  386  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000799175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  55.98 
 
 		 360 aa  384  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  54.23 
 
 		 361 aa  386  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004203  peptide chain release factor 1  53.06 
 
 		 362 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0254288  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  52.41 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  53.06 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2083  peptide chain release factor 1  51.99 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000963425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5421  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8659e-61 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  53.64 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5178  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000138678  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5013  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000402063  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5029  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000328302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  49.43 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  51.42 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0472  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 356 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257905  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2984  peptide chain release factor 1  54.39 
 
 		 357 aa  381  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5507  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3459  peptide chain release factor 1  52.27 
 
 		 361 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.439809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0790  peptide chain release factor 1  52.72 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5452  peptide chain release factor 1  49.3 
 
 		 358 aa  382  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000502201  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  50.85 
 
 		 356 aa  381  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  53.06 
 
 		 360 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0452  peptide chain release factor 1  49.86 
 
 		 362 aa  383  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5500  peptide chain release factor 1  49.58 
 
 		 358 aa  384  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000210571  unclonable  8.0628e-26 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  52.77 
 
 		 355 aa  380  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  51.12 
 
 		 355 aa  379  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4748  peptide chain release factor 1  53.06 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.242955  normal  0.0645708 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  52.2 
 
 		 363 aa  379  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  52.77 
 
 		 360 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0920  peptide chain release factor 1  52.84 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000562935  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  53.94 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  50.57 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  54.52 
 
 		 363 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0096  peptide chain release factor 1  51.96 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000153667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1713  peptide chain release factor 1  50.14 
 
 		 355 aa  380  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0456393  normal  0.957916 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1457  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 364 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262209  normal  0.168501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  50.86 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>