More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0182 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0182  ABC-type multidrug transport system permease component  100 
 
 
415 aa  846  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000192398  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2331  hypothetical protein  53.4 
 
 
399 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3063  ABC-2 type transporter  47.59 
 
 
397 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0378038  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0992  ABC-2 type transporter  29.63 
 
 
391 aa  173  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2330  hypothetical protein  27.7 
 
 
379 aa  165  2e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0181  ABC-type multidrug transport system permease component  27.27 
 
 
382 aa  157  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0315878  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  28.31 
 
 
370 aa  156  5e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3062  ABC-2 type transporter  27 
 
 
376 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.191967  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  28.5 
 
 
376 aa  147  4e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  29.19 
 
 
381 aa  142  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  27.18 
 
 
376 aa  142  1e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  25.93 
 
 
379 aa  141  2e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  26.7 
 
 
378 aa  141  2e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2826  hypothetical protein  24.14 
 
 
376 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1911  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  28.31 
 
 
378 aa  136  6e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0168619  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  26.72 
 
 
373 aa  133  7e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  24.09 
 
 
369 aa  132  8e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0919  ABC-2 type transporter  25.66 
 
 
405 aa  132  1e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.81116 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  25.19 
 
 
377 aa  131  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1604  ABC transporter, permease protein, putative  26.58 
 
 
377 aa  129  8e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.168111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0977  ABC-2 type transporter  24.93 
 
 
376 aa  129  1e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.750139 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  25.13 
 
 
369 aa  129  1e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3272  ABC-2 type transporter  25.2 
 
 
376 aa  128  2e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3069  ABC-2 type transporter  24.65 
 
 
373 aa  126  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.669525  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  23.42 
 
 
369 aa  126  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1151  ABC-2 type transporter  23.87 
 
 
376 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.382414  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 
380 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0719  hypothetical protein  26.69 
 
 
385 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.348943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 
380 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2907  ABC-2 type transporter  24.94 
 
 
376 aa  123  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0255  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 
373 aa  121  2e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_002950  PG0091  transporter, putative  26.24 
 
 
405 aa  119  9e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.060558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  23.68 
 
 
377 aa  118  2e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0490  hypothetical protein  25.4 
 
 
383 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3461  ABC-2 type transporter  25.4 
 
 
383 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3637  hypothetical protein  25.74 
 
 
383 aa  116  7e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5640  ABC-2 type transporter  23.61 
 
 
368 aa  116  7e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.332161 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  26.4 
 
 
368 aa  116  9e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3104  ABC-2 type transporter  24.26 
 
 
375 aa  115  1e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  25.82 
 
 
372 aa  115  1e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0656  hypothetical protein  24.16 
 
 
377 aa  114  2e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  27.32 
 
 
380 aa  115  2e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  26.67 
 
 
906 aa  115  2e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2919  ABC-2 type transporter  23.7 
 
 
368 aa  115  2e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.856849  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0529  ABC-2 type transporter  24.26 
 
 
381 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  26.51 
 
 
906 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0655  hypothetical protein  25.54 
 
 
376 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126989 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4087  hypothetical protein  25.07 
 
 
378 aa  114  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  23.61 
 
 
381 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0585  ABC-2 type transporter  23.58 
 
 
382 aa  113  7e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2825  hypothetical protein  22.55 
 
 
377 aa  113  7e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  24.14 
 
 
388 aa  113  8e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3811  ABC-2 type transporter  23.78 
 
 
383 aa  112  1e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.4 
 
 
906 aa  112  1e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0533  ABC-2 type transporter  23.99 
 
 
379 aa  112  1e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  23.14 
 
 
384 aa  112  1e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  24.74 
 
 
435 aa  112  1e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 
384 aa  112  1e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0112  ABC-2 type transporter  25.33 
 
 
372 aa  112  1e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0225544  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1721  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  24.58 
 
 
380 aa  112  2e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.759741  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  24.4 
 
 
390 aa  112  2e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  25.75 
 
 
912 aa  112  2e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  23.25 
 
 
376 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0508  ABC-2 type transporter  24.05 
 
 
381 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  26.27 
 
 
917 aa  110  4e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  22.13 
 
 
384 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  24.76 
 
 
378 aa  110  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  27.97 
 
 
378 aa  110  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  22.55 
 
 
377 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0407  hypothetical protein  24.61 
 
 
382 aa  109  7e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10374  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  23.06 
 
 
369 aa  110  7e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  24.4 
 
 
376 aa  109  8e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  25.91 
 
 
380 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  24.23 
 
 
377 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  24.79 
 
 
370 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1294  ABC transporter, ATP-binding protein  25.68 
 
 
378 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0057  ABC-2 type transporter  24.1 
 
 
387 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1135  hypothetical protein  25.61 
 
 
384 aa  106  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 
371 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  25.38 
 
 
381 aa  106  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1794  hypothetical protein  25.07 
 
 
390 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  1.52274e-05  normal  0.41124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  25.53 
 
 
382 aa  106  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  25.21 
 
 
906 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  25.89 
 
 
385 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00580  ABC-2 type transport system permease protein  27.62 
 
 
369 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0449353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  25.35 
 
 
368 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  25.53 
 
 
371 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  25.42 
 
 
368 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2702  ABC-2 type transporter  24.73 
 
 
780 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4064  ABC-2 type transporter  24.55 
 
 
371 aa  105  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2393  ABC-2 type transporter  23.97 
 
 
369 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1106  ABC-2 type transporter  25.94 
 
 
379 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.762924 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2920  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 
371 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.827824  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>