More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_35980 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 333 aa  659    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  77.21 
 
 		 304 aa  428  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  66.19 
 
 		 320 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  62.5 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  59.6 
 
 		 327 aa  326  3e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  58.19 
 
 		 322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  52.08 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  52.38 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  49.82 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 280 aa  239  5e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 320 aa  237  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  48.41 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  45.49 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  45.36 
 
 		 316 aa  218  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  45.71 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  42.2 
 
 		 307 aa  199  7.999999999999999e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  41.78 
 
 		 304 aa  194  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.4 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.04 
 
 		 284 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.99 
 
 		 291 aa  189  7e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.17 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  182  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  31.25 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  43.35 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 292 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 292 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 285 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  32.39 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.06 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.06 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.39 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.39 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  34.07 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  32.39 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.06 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  32.39 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.06 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.94 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  31.14 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 283 aa  157  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  35.74 
 
 		 287 aa  155  9e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  37.27 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.51 
 
 		 280 aa  153  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  36.62 
 
 		 285 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.8 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  34.64 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.48 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.75 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.73 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 281 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  31.16 
 
 		 285 aa  146  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  34.97 
 
 		 312 aa  146  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.27 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  34.27 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  35.97 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.63 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 285 aa  144  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.84 
 
 		 289 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  34.78 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  32.06 
 
 		 285 aa  143  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  34.14 
 
 		 320 aa  143  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 		 272 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 285 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  32.14 
 
 		 274 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 282 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 287 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  32.39 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  35.04 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 273 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 323 aa  139  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.42 
 
 		 301 aa  139  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>