More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4175 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 262 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 262 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 238 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  76.62 
 
 		 262 aa  359  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 255 aa  358  4e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 255 aa  358  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  75.85 
 
 		 258 aa  357  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 255 aa  357  9e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 255 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 233 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  75.59 
 
 		 256 aa  337  9e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  51.66 
 
 		 231 aa  222  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  54.81 
 
 		 239 aa  222  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  54.33 
 
 		 232 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  51.18 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  53.55 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  53.55 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 240 aa  218  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 234 aa  218  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 234 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  51.63 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 238 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 238 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 253 aa  200  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 239 aa  198  6e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 232 aa  197  9e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 235 aa  187  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  47.5 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  43.98 
 
 		 218 aa  178  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 222 aa  178  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  45.93 
 
 		 220 aa  178  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 220 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  44.98 
 
 		 214 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  46.19 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  50.53 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 234 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 233 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 257 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  35.42 
 
 		 224 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 267 aa  105  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 235 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.75 
 
 		 237 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 219 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 265 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 234 aa  99  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 232 aa  99  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 229 aa  98.6  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 228 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 253 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 211 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 229 aa  98.2  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 233 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 234 aa  96.3  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 226 aa  95.9  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 224 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  32.55 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 215 aa  95.1  9e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 211 aa  95.1  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 258 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  32.84 
 
 		 229 aa  94.4  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 248 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.85 
 
 		 223 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>