More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6257 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  77.49 
 
 		 231 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  77.49 
 
 		 230 aa  345  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  72.02 
 
 		 230 aa  322  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6117  GntR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 248 aa  201  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 235 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2218  GntR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 268 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0652374  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  44.8 
 
 		 250 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 266 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  44.34 
 
 		 250 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 250 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 239 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.93 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 233 aa  118  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 232 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 225 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 218 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.13 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 223 aa  98.2  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 239 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 234 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 230 aa  95.9  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 235 aa  95.9  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 229 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 246 aa  92.8  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 217 aa  92.4  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  36.74 
 
 		 227 aa  92.4  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 250 aa  91.7  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 275 aa  89.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 224 aa  89  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 232 aa  88.6  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 218 aa  88.6  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  28.9 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.13 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 236 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 223 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 256 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 274 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  85.1  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  30.48 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  45.74 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>