More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3837 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3837  transcriptional regulator NanR  100 
 
 		 233 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0354157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  45.98 
 
 		 260 aa  205  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  46.88 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 260 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  46.88 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  45.5 
 
 		 234 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  46.43 
 
 		 263 aa  201  7e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  46.43 
 
 		 263 aa  201  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  46.43 
 
 		 260 aa  201  7e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  46.43 
 
 		 260 aa  201  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  44.3 
 
 		 237 aa  170  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  43.35 
 
 		 237 aa  154  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  37.44 
 
 		 235 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  39.91 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  39.04 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0854  GntR domain protein  36.82 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00310833  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  38.57 
 
 		 251 aa  121  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  32.33 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.22 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 247 aa  89.4  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2079  regulatory protein GntR HTH  27.93 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.744782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  31.36 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.33 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  33.79 
 
 		 245 aa  85.1  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 248 aa  85.1  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  30.13 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  32.37 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  31.46 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  32.79 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.06 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  31.6 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  30.84 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  32.91 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5075  GntR domain-containing protein  30.19 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.0518495 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  31.47 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  29.49 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  30.84 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  29.47 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3347  regulatory protein GntR HTH  29.7 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.140801 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  29.86 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  29.75 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  26.87 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0195  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.361489  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  29.75 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  31.76 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  29.75 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  30.74 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.57 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01470  putative transcriptional regulator  30.53 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.763826 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  31.19 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  29.69 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4787  GntR domain protein  29.52 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  30.57 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  28.57 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  28.99 
 
 		 258 aa  72  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  30.14 
 
 		 241 aa  72  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.36 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 218 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 218 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 218 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  30.7 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  27.2 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  29.36 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 218 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  30.04 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  27.06 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  30.69 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>