More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11670 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  418  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
240 aa  116  2e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
226 aa  112  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  34.15 
 
 
226 aa  110  1e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 
222 aa  110  2e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.18363e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
225 aa  108  4e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
206 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
226 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
223 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
226 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
226 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  32.12 
 
 
224 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
267 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
213 aa  98.6  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
268 aa  98.6  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
229 aa  96.3  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  27.84 
 
 
219 aa  95.9  4e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1267  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
235 aa  95.9  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
214 aa  95.5  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
222 aa  95.5  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 
249 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
247 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
230 aa  94.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 
232 aa  94.7  8e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
213 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
233 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
225 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 
223 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  1.08879e-05 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
219 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
219 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
223 aa  92.8  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.73195e-08  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
223 aa  92  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
267 aa  92  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
233 aa  92  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
239 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
223 aa  91.7  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
215 aa  91.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
215 aa  91.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  30.58 
 
 
217 aa  91.7  8e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
231 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
223 aa  89.4  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.48 
 
 
224 aa  89.4  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  8.31441e-07  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  33.33 
 
 
227 aa  89.4  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.64152e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
222 aa  89.4  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  89  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
237 aa  88.6  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
217 aa  88.6  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
257 aa  88.6  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  38.12 
 
 
232 aa  88.6  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
223 aa  88.2  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  30.3 
 
 
226 aa  88.2  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
225 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  31.61 
 
 
224 aa  87.8  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
260 aa  87.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
221 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
222 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
253 aa  87.8  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
229 aa  87.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
223 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
217 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 
233 aa  86.7  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
223 aa  86.7  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
265 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
230 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
219 aa  85.9  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  6.4922e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
229 aa  85.5  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 
246 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 
228 aa  85.1  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
227 aa  84.7  8e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
239 aa  84.7  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
245 aa  84.3  1e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 
245 aa  84.3  1e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 
223 aa  84.3  1e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  34.1 
 
 
229 aa  83.2  2e-15  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
245 aa  83.6  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
233 aa  83.2  3e-15  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2775  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 
232 aa  82.8  3e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
232 aa  83.2  3e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 
257 aa  82.8  3e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 
244 aa  82.8  3e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  9.51338e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
238 aa  82.8  4e-15  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
242 aa  82.4  4e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
229 aa  82.4  4e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 
229 aa  82.4  5e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
225 aa  82.4  5e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
231 aa  82  6e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  33 
 
 
222 aa  82  6e-15  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
242 aa  81.6  7e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 
242 aa  81.6  8e-15  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
211 aa  81.3  9e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 
225 aa  80.9  1e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>