More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0624 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  89.27 
 
 		 791 aa  1418    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  94.92 
 
 		 768 aa  1509    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  77.69 
 
 		 789 aa  1231    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  45.75 
 
 		 777 aa  663    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  48.21 
 
 		 791 aa  679    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  92.56 
 
 		 779 aa  1461    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  77.42 
 
 		 790 aa  1222    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  46.96 
 
 		 742 aa  665    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  89.27 
 
 		 774 aa  1417    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  78.05 
 
 		 768 aa  1232    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  44.59 
 
 		 790 aa  654    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  70.12 
 
 		 779 aa  1134    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  89.01 
 
 		 774 aa  1413    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  45.59 
 
 		 781 aa  675    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  100 
 
 		 764 aa  1573    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  99.35 
 
 		 764 aa  1567    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  77.39 
 
 		 766 aa  1254    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  89.14 
 
 		 774 aa  1415    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  75.63 
 
 		 787 aa  1211    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  44.91 
 
 		 796 aa  651    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  76.88 
 
 		 790 aa  1217    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  99.08 
 
 		 764 aa  1562    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  42.34 
 
 		 769 aa  631  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  43.27 
 
 		 772 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  43.06 
 
 		 774 aa  622  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  42.91 
 
 		 773 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  42.9 
 
 		 773 aa  618  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  42.5 
 
 		 773 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  43.39 
 
 		 826 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  42.67 
 
 		 773 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  41.85 
 
 		 773 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  43.91 
 
 		 840 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  42.52 
 
 		 773 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  42.74 
 
 		 780 aa  603  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  43.91 
 
 		 840 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  43.91 
 
 		 840 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  43.91 
 
 		 840 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  43.49 
 
 		 836 aa  599  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  44.46 
 
 		 827 aa  600  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  43.09 
 
 		 826 aa  601  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  43.78 
 
 		 840 aa  602  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  44.76 
 
 		 833 aa  596  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  43.78 
 
 		 841 aa  597  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  42.82 
 
 		 826 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  42.82 
 
 		 824 aa  597  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  43.51 
 
 		 826 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  43.12 
 
 		 774 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  43.13 
 
 		 775 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 841 aa  587  1e-166  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  43.61 
 
 		 844 aa  586  1e-166  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 844 aa  587  1e-166  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 844 aa  587  1e-166  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 844 aa  587  1e-166  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  43.61 
 
 		 841 aa  587  1e-166  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 844 aa  587  1e-166  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 840 aa  588  1e-166  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  43.61 
 
 		 844 aa  587  1e-166  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  42.61 
 
 		 772 aa  587  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  44.22 
 
 		 730 aa  583  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  41.27 
 
 		 778 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  40.32 
 
 		 776 aa  549  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  41.13 
 
 		 830 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  40.57 
 
 		 759 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  42.9 
 
 		 748 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  38.93 
 
 		 777 aa  541  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  41.02 
 
 		 754 aa  541  9.999999999999999e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  40.06 
 
 		 780 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  39.2 
 
 		 881 aa  531  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  38.81 
 
 		 827 aa  519  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  38.54 
 
 		 827 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  38.3 
 
 		 732 aa  501  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  37.54 
 
 		 813 aa  458  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  36.75 
 
 		 814 aa  452  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  35.61 
 
 		 766 aa  442  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.1 
 
 		 792 aa  441  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  35.86 
 
 		 792 aa  442  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  34.95 
 
 		 757 aa  410  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  33.66 
 
 		 766 aa  379  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  30.75 
 
 		 890 aa  345  2e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  35.8 
 
 		 625 aa  301  3e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.29 
 
 		 643 aa  299  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.29 
 
 		 643 aa  299  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  33.52 
 
 		 649 aa  298  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  33.46 
 
 		 806 aa  290  7e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  34.92 
 
 		 654 aa  289  1e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  34.24 
 
 		 643 aa  289  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.16 
 
 		 751 aa  287  4e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0983  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a) (penicillin-bindingprotein A)  33.62 
 
 		 638 aa  287  5e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  34.91 
 
 		 811 aa  286  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  34.11 
 
 		 618 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  33.1 
 
 		 640 aa  282  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0683  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  32.63 
 
 		 642 aa  282  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  34.5 
 
 		 648 aa  280  6e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  32.74 
 
 		 656 aa  280  8e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  35.65 
 
 		 714 aa  280  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  33.49 
 
 		 646 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  32.28 
 
 		 642 aa  278  4e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  36.58 
 
 		 714 aa  276  7e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  34.81 
 
 		 712 aa  274  6e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  34.08 
 
 		 739 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>