More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3593 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  701    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  45 
 
 		 347 aa  301  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  45 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  44.71 
 
 		 347 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 335 aa  276  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 337 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  34.05 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.23 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  35.33 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 324 aa  159  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.79 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  32.22 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.23 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 285 aa  157  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 324 aa  155  9e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 332 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  36.87 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  34.89 
 
 		 326 aa  149  7e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 333 aa  149  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.02 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.35 
 
 		 326 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 344 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.78 
 
 		 327 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.29 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  30.98 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 341 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 327 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  31.53 
 
 		 319 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 324 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.66 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  33.9 
 
 		 354 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 387 aa  135  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 334 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.93 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  31.58 
 
 		 345 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0475  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 350 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625315  normal  0.0311111 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 344 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 362 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 344 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0776  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>