100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0417 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0417  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 314 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0769316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0089  homocysteine S-methyltransferase  57.64 
 
 		 312 aa  358  6e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.898737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1107  homocysteine S-methyltransferase  54.95 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0120891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2696  homocysteine S-methyltransferase  53.99 
 
 		 328 aa  345  4e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274652 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0064  homocysteine S-methyltransferase  54.17 
 
 		 328 aa  345  6e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5017  homocysteine S-methyltransferase  53.99 
 
 		 312 aa  342  5e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0624  homocysteine S-methyltransferase  53.67 
 
 		 312 aa  340  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.537919  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3671  homocysteine S-methyltransferase  51.6 
 
 		 316 aa  328  7e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0984  homocysteine S-methyltransferase  51.44 
 
 		 315 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0597  homocysteine S-methyltransferase  51.94 
 
 		 322 aa  317  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2467  homocysteine S-methyltransferase  51.14 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6335  homocysteine S-methyltransferase  46.8 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228765 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0740  homocysteine S-methyltransferase  43.79 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1304  homocysteine S-methyltransferase  44.33 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.652458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1943  putative homocysteine/selenocysteine methylase  39.87 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5337  homocysteine S-methyltransferase  35.35 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3324  homocysteine S-methyltransferase  34.05 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1327  homocysteine S-methyltransferase domain-containing protein  32.23 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  26.42 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  30.05 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2547  methionine synthase I  29.68 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.946299 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  27.04 
 
 		 804 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  22.27 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  27.44 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  24.19 
 
 		 807 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.14 
 
 		 615 aa  53.5  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  27.01 
 
 		 302 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  29.83 
 
 		 1293 aa  53.1  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  26.88 
 
 		 791 aa  52.4  0.000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0442  B12-dependent methionine synthase  27.6 
 
 		 1226 aa  50.4  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  27.06 
 
 		 801 aa  49.7  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1123  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25 
 
 		 1208 aa  49.7  0.00006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.00712875  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.54 
 
 		 615 aa  49.7  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08871  putative methionine synthase  23.2 
 
 		 1191 aa  49.3  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000369495 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  26.16 
 
 		 1227 aa  48.5  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  26.36 
 
 		 1226 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  25.68 
 
 		 841 aa  48.9  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2062  B12-dependent methionine synthase  25.07 
 
 		 1228 aa  47.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.458303  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  28.29 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  23.27 
 
 		 609 aa  47.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.24 
 
 		 1226 aa  47.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3952  methionine synthase I  27.05 
 
 		 319 aa  47.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.225692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25 
 
 		 613 aa  47.8  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3347  methionine synthase (B12-dependent)  27.99 
 
 		 359 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25 
 
 		 613 aa  47.8  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  25.34 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2998  methionine synthase  27.99 
 
 		 359 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639431  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.6 
 
 		 617 aa  47  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  27.8 
 
 		 1257 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2651  B12-dependent methionine synthase  26.99 
 
 		 1257 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2124  methionine synthase I  29.18 
 
 		 335 aa  46.6  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0799  methionine synthase I  29.18 
 
 		 335 aa  46.6  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.640121 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  25.34 
 
 		 301 aa  46.6  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  23.34 
 
 		 319 aa  46.2  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  24.55 
 
 		 334 aa  46.2  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4784  homocysteine S-methyltransferase  27.35 
 
 		 643 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  28.29 
 
 		 1226 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1894  B12-dependent methionine synthase  25.45 
 
 		 1229 aa  45.4  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  23.44 
 
 		 302 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2966  B12-dependent methionine synthase  28.39 
 
 		 1257 aa  45.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0709  methionine synthase I  29.74 
 
 		 357 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3657  methionine synthase  29.22 
 
 		 342 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15726 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  23.42 
 
 		 301 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  22.73 
 
 		 616 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03712  B12-dependent methionine synthase  27.59 
 
 		 1226 aa  45.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  25.18 
 
 		 1249 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  23.76 
 
 		 295 aa  45.1  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1433  methionine synthase I, homocysteine S-methyltransferase  25.23 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.218334 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  22.61 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  26.56 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  24.89 
 
 		 1176 aa  44.3  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  28.43 
 
 		 300 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  29.28 
 
 		 309 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0112  B12-dependent methionine synthase  28.14 
 
 		 1259 aa  44.3  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.937971  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  24.23 
 
 		 800 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.01 
 
 		 804 aa  43.9  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  23.99 
 
 		 1225 aa  43.5  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.07 
 
 		 637 aa  43.9  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  26.27 
 
 		 311 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  21.69 
 
 		 285 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  27.94 
 
 		 300 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  28.05 
 
 		 313 aa  43.1  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  24.84 
 
 		 309 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0454  B12-dependent methionine synthase  27.94 
 
 		 1228 aa  43.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0341811  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  27.94 
 
 		 300 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  25 
 
 		 1278 aa  42.7  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  25.55 
 
 		 806 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  28.57 
 
 		 1304 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  27.32 
 
 		 300 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2974  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.29 
 
 		 605 aa  42.7  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  21.07 
 
 		 320 aa  42.7  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  26.29 
 
 		 302 aa  42.7  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1771  methionine synthase I  25.51 
 
 		 337 aa  42.7  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.0676063 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0035  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  23.64 
 
 		 612 aa  42.7  0.008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2133  homocysteine S-methyltransferase  25.59 
 
 		 319 aa  42.7  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  25.34 
 
 		 314 aa  42.7  0.009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  26.61 
 
 		 311 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09591  putative methionine synthase  21.84 
 
 		 1187 aa  42.4  0.01  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  26.72 
 
 		 1250 aa  42.4  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4490  B12-dependent methionine synthase  25.72 
 
 		 1209 aa  42.4  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.816383  normal  0.548116 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>