More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1742 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 		 376 aa  752    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.98 
 
 		 321 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.31 
 
 		 332 aa  352  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  52.55 
 
 		 345 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.52 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  54.13 
 
 		 336 aa  296  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  51.39 
 
 		 322 aa  295  8e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  53.65 
 
 		 351 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  50.75 
 
 		 346 aa  291  9e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  50.15 
 
 		 343 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 343 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.69 
 
 		 335 aa  290  3e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  54.19 
 
 		 334 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  53.57 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.78 
 
 		 326 aa  286  5e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  50.92 
 
 		 337 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 336 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 		 377 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.23 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.23 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  50.3 
 
 		 334 aa  280  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.24 
 
 		 332 aa  278  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  46.85 
 
 		 482 aa  278  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.49 
 
 		 323 aa  276  6e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.97 
 
 		 343 aa  276  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.7 
 
 		 337 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  49.39 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  49.26 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.66 
 
 		 349 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.73 
 
 		 303 aa  266  5e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.54 
 
 		 322 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  47.76 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 		 341 aa  265  8e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.66 
 
 		 349 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  48.02 
 
 		 343 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.08 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  49.54 
 
 		 342 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  48.17 
 
 		 341 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  48.46 
 
 		 431 aa  263  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  46.57 
 
 		 341 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  47.87 
 
 		 400 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  46.95 
 
 		 407 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  50.15 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 		 304 aa  259  6e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  48.47 
 
 		 391 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  50 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  46.95 
 
 		 405 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.52 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.53 
 
 		 438 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.68 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.08 
 
 		 402 aa  255  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.75 
 
 		 402 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.75 
 
 		 402 aa  256  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  46.63 
 
 		 360 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  47.98 
 
 		 436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  49.53 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.85 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.87 
 
 		 391 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 306 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  48.58 
 
 		 324 aa  253  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 302 aa  252  7e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.51 
 
 		 313 aa  252  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  44.06 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  47.8 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.91 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.33 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.94 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.59 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.59 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.59 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.59 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.59 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.52 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 		 395 aa  248  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 		 395 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.9 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 395 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.97 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 302 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  47.2 
 
 		 389 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.22 
 
 		 315 aa  247  3e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.64 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.55 
 
 		 304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 		 327 aa  245  6.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.59 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.82 
 
 		 312 aa  245  8e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.25 
 
 		 319 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 305 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 		 304 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  48.52 
 
 		 320 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.22 
 
 		 318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.38 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.63 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>