More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3696 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  100 
 
 		 249 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  49.8 
 
 		 272 aa  260  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  50.59 
 
 		 270 aa  259  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  54.55 
 
 		 284 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  52.07 
 
 		 268 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  50.61 
 
 		 290 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  53.62 
 
 		 270 aa  244  8e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  46.8 
 
 		 270 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  45.2 
 
 		 270 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  49.15 
 
 		 270 aa  230  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  48.55 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  47.39 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  49.39 
 
 		 267 aa  229  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  45.68 
 
 		 285 aa  228  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  44.92 
 
 		 271 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  45.42 
 
 		 295 aa  227  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  44.4 
 
 		 270 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  46.86 
 
 		 268 aa  225  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  44.98 
 
 		 269 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  45.8 
 
 		 268 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  45.8 
 
 		 289 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.53 
 
 		 293 aa  222  4e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  44.76 
 
 		 267 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  43.6 
 
 		 352 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  44.76 
 
 		 267 aa  218  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  44.96 
 
 		 268 aa  218  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  46.5 
 
 		 268 aa  218  7.999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.08 
 
 		 264 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  44.98 
 
 		 269 aa  217  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  43.44 
 
 		 267 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  44.58 
 
 		 269 aa  217  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  44.98 
 
 		 269 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  43.72 
 
 		 261 aa  216  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  41.53 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  43.67 
 
 		 262 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  42.86 
 
 		 262 aa  211  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  43.57 
 
 		 271 aa  209  3e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 		 262 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  42.45 
 
 		 262 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  42.04 
 
 		 262 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  39.59 
 
 		 262 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  33.47 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  35.08 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  34.55 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  33.88 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  33.47 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 322 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  33.2 
 
 		 256 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  34.98 
 
 		 258 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4159  exodeoxyribonuclease III Xth  31.98 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0712158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  29.6 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  33.61 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  31.82 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  32.92 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  34.84 
 
 		 272 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  34.02 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  34.58 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  35.68 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  32.67 
 
 		 263 aa  115  8.999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  32.78 
 
 		 256 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  34.45 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  32.26 
 
 		 265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  33.62 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  32.95 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  34.84 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  32 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  26.29 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  30.43 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  30.43 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  33.62 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  34.85 
 
 		 261 aa  112  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  33.33 
 
 		 256 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4608  exodeoxyribonuclease III Xth  33.2 
 
 		 261 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  hitchhiker  0.0000204361 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  32.92 
 
 		 261 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  32.1 
 
 		 261 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  35.48 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  34.55 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  34.15 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2428  exodeoxyribonuclease III Xth  32.8 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  32.57 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  32.91 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  32.4 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  32.8 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  31.97 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  34.71 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  30.96 
 
 		 262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  34.71 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  34.71 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  32.41 
 
 		 269 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  33.06 
 
 		 267 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  33.47 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  32.79 
 
 		 270 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  30.77 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  30.64 
 
 		 262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>