More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0053 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 		 262 aa  541  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  77.86 
 
 		 262 aa  443  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  78.08 
 
 		 261 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  76.72 
 
 		 262 aa  434  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  77.1 
 
 		 262 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  76.72 
 
 		 262 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  75.57 
 
 		 262 aa  407  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  58.58 
 
 		 289 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  58.58 
 
 		 268 aa  313  2.9999999999999996e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  55.43 
 
 		 267 aa  305  4.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  55.06 
 
 		 267 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  53.93 
 
 		 267 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  55.76 
 
 		 268 aa  301  9e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  56.72 
 
 		 268 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  56.02 
 
 		 284 aa  299  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  54.1 
 
 		 268 aa  291  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  52.77 
 
 		 272 aa  290  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  52.04 
 
 		 269 aa  289  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  51.85 
 
 		 270 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  50.93 
 
 		 269 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  50.56 
 
 		 269 aa  280  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  51.85 
 
 		 270 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  52.71 
 
 		 264 aa  279  3e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  50.74 
 
 		 270 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 269 aa  278  7e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  50.92 
 
 		 295 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  51.11 
 
 		 352 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 269 aa  277  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  52.42 
 
 		 270 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  49.44 
 
 		 269 aa  275  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.92 
 
 		 293 aa  275  7e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  51.5 
 
 		 267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  51.12 
 
 		 271 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  51.67 
 
 		 270 aa  269  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  49.08 
 
 		 271 aa  268  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  50.37 
 
 		 290 aa  265  5.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 285 aa  260  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  51.32 
 
 		 263 aa  258  5.0000000000000005e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 270 aa  242  3.9999999999999997e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  46.79 
 
 		 268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  42.86 
 
 		 249 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  38.95 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  39.11 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  38.4 
 
 		 257 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  37.69 
 
 		 282 aa  152  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  37.08 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  38.24 
 
 		 265 aa  149  4e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  36.16 
 
 		 288 aa  148  7e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  37.55 
 
 		 256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  33.83 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  38.4 
 
 		 258 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  38.11 
 
 		 258 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  37.74 
 
 		 259 aa  143  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  38.02 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  39.1 
 
 		 255 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  35.36 
 
 		 256 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  35.91 
 
 		 267 aa  142  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  34.6 
 
 		 256 aa  141  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  34.33 
 
 		 277 aa  141  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  36.5 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  33.83 
 
 		 258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  36.36 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  36.12 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  35.09 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  36.7 
 
 		 267 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.34 
 
 		 281 aa  138  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  35.74 
 
 		 265 aa  138  7.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  36.57 
 
 		 258 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  35.11 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  34.38 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  34.57 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  35.47 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  34.96 
 
 		 258 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  36.26 
 
 		 264 aa  135  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  34.35 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  32.59 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  35.34 
 
 		 263 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  33.46 
 
 		 259 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  33.95 
 
 		 281 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  37.31 
 
 		 258 aa  135  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1189  exodeoxyribonuclease III  35.93 
 
 		 265 aa  135  9e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642421  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  35.4 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  36.02 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  32.96 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  33.33 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.57 
 
 		 267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  37.74 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  33.21 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  33.58 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  38.43 
 
 		 256 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 322 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.7 
 
 		 276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>