More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0278 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  100 
 
 		 270 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  80 
 
 		 352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  79.63 
 
 		 270 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  79.63 
 
 		 270 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  79.7 
 
 		 271 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  74.17 
 
 		 295 aa  441  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  73.8 
 
 		 293 aa  443  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  61.62 
 
 		 272 aa  344  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  61.62 
 
 		 269 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  61.62 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  60.89 
 
 		 269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  61.62 
 
 		 269 aa  338  5e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  60.22 
 
 		 270 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  60.89 
 
 		 269 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  60.15 
 
 		 269 aa  334  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  60.74 
 
 		 268 aa  333  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  60.74 
 
 		 289 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  57.72 
 
 		 290 aa  329  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 		 284 aa  328  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  58.89 
 
 		 268 aa  325  6e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  57.74 
 
 		 271 aa  321  9.000000000000001e-87  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  57.51 
 
 		 268 aa  317  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  56.93 
 
 		 267 aa  316  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  55.56 
 
 		 267 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  54.81 
 
 		 267 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  57.2 
 
 		 268 aa  311  6.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  53.36 
 
 		 261 aa  288  8e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  51.85 
 
 		 262 aa  279  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  50.74 
 
 		 262 aa  276  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  50.36 
 
 		 270 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  50.55 
 
 		 262 aa  271  8.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  52.42 
 
 		 267 aa  264  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  53.23 
 
 		 270 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  49.08 
 
 		 262 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  48.71 
 
 		 262 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  48.71 
 
 		 262 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.57 
 
 		 264 aa  258  6e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  48.34 
 
 		 285 aa  255  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  46.27 
 
 		 263 aa  250  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  46.93 
 
 		 268 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  46.8 
 
 		 249 aa  232  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  35.07 
 
 		 256 aa  151  8.999999999999999e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  35.45 
 
 		 256 aa  150  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  34.8 
 
 		 264 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  32.59 
 
 		 275 aa  141  9e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  32.22 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  35.53 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  37.08 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  34.57 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  32.47 
 
 		 281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  35.21 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  30.38 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  32.22 
 
 		 258 aa  139  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  32.59 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  32.96 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  35.34 
 
 		 265 aa  138  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  34.55 
 
 		 263 aa  137  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  31.41 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  33.95 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  34.83 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4608  exodeoxyribonuclease III Xth  33.33 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  hitchhiker  0.0000204361 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 260 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  36.7 
 
 		 255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  32.97 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  32.59 
 
 		 266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  35.21 
 
 		 263 aa  136  4e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  37.73 
 
 		 258 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  36 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  32.71 
 
 		 265 aa  136  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  32.97 
 
 		 264 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  34.4 
 
 		 262 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  31.85 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  33.33 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  32.46 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  31.85 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  31.48 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  31.05 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  33.33 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  31.2 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  35.71 
 
 		 258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  35.71 
 
 		 258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  32.35 
 
 		 269 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  35.34 
 
 		 265 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  32.35 
 
 		 269 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  34.08 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  32.35 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  34.94 
 
 		 258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  31.97 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  33.82 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  31.97 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  31.87 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  31.65 
 
 		 260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  32.1 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  31.5 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  31.54 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  32.35 
 
 		 260 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>