More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2372 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 261 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  78.08 
 
 		 262 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  78.85 
 
 		 262 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  78.85 
 
 		 262 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  78.46 
 
 		 262 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  74.62 
 
 		 262 aa  422  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  74.62 
 
 		 262 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  56.23 
 
 		 267 aa  298  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  55.26 
 
 		 267 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  56.77 
 
 		 289 aa  298  7e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  56.77 
 
 		 268 aa  297  9e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  55.64 
 
 		 267 aa  294  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  55.3 
 
 		 284 aa  294  9e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  56.39 
 
 		 268 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  55.76 
 
 		 272 aa  293  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  55.02 
 
 		 295 aa  290  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  53.36 
 
 		 270 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  53.36 
 
 		 270 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  54.79 
 
 		 285 aa  284  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  52.99 
 
 		 352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  53.9 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  53.1 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  54.51 
 
 		 268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  52.61 
 
 		 270 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  51.31 
 
 		 269 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  55.81 
 
 		 270 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  51.88 
 
 		 268 aa  278  5e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  53.18 
 
 		 271 aa  276  2e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  51.3 
 
 		 271 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  53.21 
 
 		 267 aa  276  3e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  51.31 
 
 		 269 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  50.56 
 
 		 269 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  51.87 
 
 		 269 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 269 aa  270  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 269 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  52.63 
 
 		 263 aa  266  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  53.23 
 
 		 270 aa  258  6e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  49.63 
 
 		 290 aa  256  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  53.64 
 
 		 270 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  49.43 
 
 		 268 aa  243  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  43.72 
 
 		 249 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  37.08 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1180  exodeoxyribonuclease III  37.31 
 
 		 264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.346551  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  35.82 
 
 		 288 aa  139  3e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  35.42 
 
 		 279 aa  139  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  37.69 
 
 		 256 aa  138  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  34.2 
 
 		 277 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  34.81 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  36.06 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  39.33 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  33.33 
 
 		 262 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  33.33 
 
 		 262 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  37.36 
 
 		 262 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  34.33 
 
 		 258 aa  135  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0065  exodeoxyribonuclease III Xth  35.71 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  33.46 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  34.6 
 
 		 265 aa  132  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  35.85 
 
 		 264 aa  132  6e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  32.96 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  35.71 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  35.07 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  34.32 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  32.59 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  36.19 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5112  exodeoxyribonuclease III  35.47 
 
 		 260 aa  126  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.130446  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  32.95 
 
 		 260 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  31.94 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  33.96 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  31.94 
 
 		 256 aa  125  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  34.42 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  32.1 
 
 		 281 aa  125  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  34.2 
 
 		 254 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  35.42 
 
 		 263 aa  125  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  33.09 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  32.58 
 
 		 259 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1114  exodeoxyribonuclease III Xth  37.31 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1194  exodeoxyribonuclease III Xth  37.31 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118144  normal  0.796496 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  35.06 
 
 		 256 aa  123  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  34.57 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  36.33 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  35.32 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3648  exodeoxyribonuclease III Xth  35.74 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  33.71 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  35.71 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  33.96 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  34.83 
 
 		 258 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  35.07 
 
 		 258 aa  122  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  32.46 
 
 		 260 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  32.68 
 
 		 255 aa  122  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  36.47 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  34.7 
 
 		 258 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>