More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2680 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  100 
 
 		 264 aa  547  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  78.41 
 
 		 263 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  78.41 
 
 		 263 aa  431  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  76.52 
 
 		 263 aa  418  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  75.29 
 
 		 260 aa  408  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  74.9 
 
 		 260 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  74.9 
 
 		 279 aa  403  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  69.92 
 
 		 262 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  65.15 
 
 		 263 aa  352  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  64.31 
 
 		 262 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  65.15 
 
 		 263 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  65.15 
 
 		 267 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  63.26 
 
 		 263 aa  342  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  64.02 
 
 		 276 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  63.53 
 
 		 266 aa  338  5e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  62.75 
 
 		 266 aa  330  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  64.31 
 
 		 259 aa  329  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  64.31 
 
 		 259 aa  329  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  62.75 
 
 		 258 aa  322  5e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  61.57 
 
 		 259 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  59 
 
 		 262 aa  318  5e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  64.71 
 
 		 258 aa  317  9e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  59.22 
 
 		 263 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  59.22 
 
 		 263 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  59.92 
 
 		 263 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  58.82 
 
 		 261 aa  307  9e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  60.39 
 
 		 261 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  58.98 
 
 		 259 aa  304  8.000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  57.53 
 
 		 264 aa  301  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  57.53 
 
 		 264 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  58.37 
 
 		 270 aa  299  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  57.14 
 
 		 264 aa  298  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  56.65 
 
 		 268 aa  297  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  55.77 
 
 		 262 aa  286  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  58.53 
 
 		 264 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  56.03 
 
 		 261 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  54.02 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.86 
 
 		 256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  55.43 
 
 		 271 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  50.39 
 
 		 303 aa  257  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  51.37 
 
 		 262 aa  254  7e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  51.36 
 
 		 259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  48.44 
 
 		 261 aa  248  7e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  49.61 
 
 		 259 aa  248  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  48.44 
 
 		 258 aa  247  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 269 aa  243  3e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  49.8 
 
 		 283 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  48.83 
 
 		 260 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  48.64 
 
 		 263 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  48.06 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  46.88 
 
 		 264 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  47.45 
 
 		 261 aa  231  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  47.86 
 
 		 264 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  46.88 
 
 		 266 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  46.27 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  45.7 
 
 		 272 aa  229  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  46.48 
 
 		 257 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  47.06 
 
 		 260 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  47.66 
 
 		 265 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  48.83 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  47.66 
 
 		 265 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  46.09 
 
 		 264 aa  226  4e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  44.91 
 
 		 260 aa  225  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  45.1 
 
 		 259 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  46.48 
 
 		 270 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  46.67 
 
 		 256 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  45.7 
 
 		 270 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  46.09 
 
 		 265 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  46.67 
 
 		 255 aa  218  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  41.76 
 
 		 281 aa  216  2e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  46.48 
 
 		 255 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  44.66 
 
 		 258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  44.14 
 
 		 284 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  44.27 
 
 		 258 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  44.71 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1593  exodeoxyribonuclease III protein  42.86 
 
 		 269 aa  208  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.224473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.09 
 
 		 274 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  40.98 
 
 		 269 aa  208  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.14 
 
 		 260 aa  208  8e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  41.76 
 
 		 257 aa  207  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  43.36 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  42.15 
 
 		 258 aa  204  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1624  exodeoxyribonuclease III Xth  39.85 
 
 		 269 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  43.53 
 
 		 256 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  45.53 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  44.31 
 
 		 254 aa  201  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  43.36 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  40.6 
 
 		 265 aa  201  9.999999999999999e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  42.15 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  42.15 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  42.15 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  41.63 
 
 		 255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  43.75 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  42.42 
 
 		 265 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 322 aa  198  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>