More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2668 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 260 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  83.01 
 
 		 265 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  81.54 
 
 		 265 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  80.38 
 
 		 265 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  71.54 
 
 		 264 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  73.26 
 
 		 283 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  71.37 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  70.93 
 
 		 266 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  70.16 
 
 		 261 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  70.93 
 
 		 270 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  70.93 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  67.58 
 
 		 272 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  62.4 
 
 		 260 aa  345  5e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  66.27 
 
 		 260 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  61.18 
 
 		 255 aa  337  9.999999999999999e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  64.06 
 
 		 255 aa  334  7e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  62.11 
 
 		 262 aa  334  7.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  62.5 
 
 		 269 aa  329  3e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  59.77 
 
 		 259 aa  329  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  59.38 
 
 		 303 aa  328  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  59.22 
 
 		 256 aa  328  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  58.82 
 
 		 258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  61.96 
 
 		 256 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  62.35 
 
 		 255 aa  324  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  62.26 
 
 		 284 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.84 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  60.39 
 
 		 264 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  60.39 
 
 		 259 aa  316  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  58.43 
 
 		 263 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.04 
 
 		 256 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  59.38 
 
 		 261 aa  311  5.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  56.08 
 
 		 264 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  56.47 
 
 		 257 aa  302  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  56.86 
 
 		 256 aa  299  3e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  56.03 
 
 		 271 aa  297  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  54.12 
 
 		 259 aa  283  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 		 264 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  49.62 
 
 		 261 aa  256  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  49.81 
 
 		 264 aa  252  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  50.57 
 
 		 261 aa  250  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  50 
 
 		 261 aa  249  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  49.04 
 
 		 267 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  49.23 
 
 		 276 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  50 
 
 		 266 aa  247  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  50.57 
 
 		 259 aa  246  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  49.04 
 
 		 259 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 		 259 aa  245  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  50.38 
 
 		 270 aa  244  9e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  50.94 
 
 		 266 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  48.85 
 
 		 263 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  47.69 
 
 		 266 aa  243  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  49.24 
 
 		 263 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  49.04 
 
 		 259 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  46.54 
 
 		 263 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  48.67 
 
 		 264 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  47.89 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  47.31 
 
 		 263 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  44.83 
 
 		 260 aa  231  8.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  44.83 
 
 		 279 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  45.9 
 
 		 268 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  46.48 
 
 		 263 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  45.95 
 
 		 262 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  47.06 
 
 		 262 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  47.13 
 
 		 262 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  47.06 
 
 		 264 aa  228  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  46.67 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.06 
 
 		 260 aa  228  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  47.88 
 
 		 258 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  45.77 
 
 		 258 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  46.09 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  45.38 
 
 		 263 aa  226  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  48.11 
 
 		 262 aa  224  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  42.37 
 
 		 322 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.02 
 
 		 277 aa  207  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 		 258 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  41.31 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  47.86 
 
 		 258 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  40.47 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  40.54 
 
 		 272 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  42.21 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  41.31 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 		 254 aa  198  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  40.93 
 
 		 258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  41.83 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  40.94 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  40.94 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  40.55 
 
 		 258 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  40.08 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2182  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 		 271 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2055  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 		 271 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  39.45 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>