More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1402 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  100 
 
 
258 aa  536  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1683  exodeoxyribonuclease III  75.1 
 
 
258 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.122396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  62.4 
 
 
267 aa  334  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  61.92 
 
 
263 aa  332  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  62.6 
 
 
263 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  61.15 
 
 
270 aa  325  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  59.46 
 
 
260 aa  324  9e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  60.47 
 
 
266 aa  323  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  59.46 
 
 
279 aa  323  2e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  62.75 
 
 
264 aa  322  4e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  60.62 
 
 
263 aa  321  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3018  exodeoxyribonuclease III Xth  60.85 
 
 
261 aa  320  9.999999999999999e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176682  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  59.07 
 
 
260 aa  320  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  60.24 
 
 
263 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  59.69 
 
 
266 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  60.24 
 
 
276 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  59.69 
 
 
262 aa  319  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  60.24 
 
 
263 aa  319  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  60.62 
 
 
262 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  60.78 
 
 
263 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  59.92 
 
 
263 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  311  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  58.78 
 
 
264 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  310  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1315  exodeoxyribonuclease III  58.69 
 
 
259 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2657  exodeoxyribonuclease III  58.3 
 
 
259 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.107023  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  56.76 
 
 
259 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  56.87 
 
 
262 aa  292  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  58.02 
 
 
264 aa  291  5e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2815  exodeoxyribonuclease III  55.6 
 
 
261 aa  291  8e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0879261  normal  0.730816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1920  exodeoxyribonuclease III  54.72 
 
 
262 aa  290  1e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.19654  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0692  exodeoxyribonuclease III  53.1 
 
 
263 aa  282  4.0000000000000003e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000190547  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0660  exodeoxyribonuclease III  53.1 
 
 
263 aa  282  4.0000000000000003e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969043  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1886  putative Exodeoxyribonuclease III  54.83 
 
 
259 aa  278  6e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0111436  normal  0.144129 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0897  exodeoxyribonuclease III  52.04 
 
 
268 aa  276  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3911  exodeoxyribonuclease III  52.49 
 
 
271 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  55 
 
 
261 aa  269  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2122  exodeoxyribonuclease III  52.31 
 
 
262 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.443475  normal  0.589868 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  53.38 
 
 
266 aa  266  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2180  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.77 
 
 
256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0156  exodeoxyribonuclease III  48.65 
 
 
259 aa  251  1e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0675  exodeoxyribonuclease III  46.18 
 
 
281 aa  248  5e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.107108  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2159  exodeoxyribonuclease III Xth  49.42 
 
 
260 aa  248  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188855  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0921  exodeoxyribonuclease III  49.42 
 
 
261 aa  248  8e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.784471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09930  putative exonuclease III  49.03 
 
 
266 aa  247  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0994533  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3378  exodeoxyribonuclease III Xth  49.03 
 
 
259 aa  246  3e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0946  exodeoxyribonuclease III Xth  49.22 
 
 
256 aa  244  8e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.416202  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  48.46 
 
 
261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.515839  normal  0.110771 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4910  exodeoxyribonuclease III  47.49 
 
 
283 aa  242  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.38033  decreased coverage  0.000445359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4299  exodeoxyribonuclease III Xth  47.88 
 
 
257 aa  241  7e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231101  normal  0.275572 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  47.88 
 
 
258 aa  240  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3456  exodeoxyribonuclease III Xth  47.69 
 
 
303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5537  exodeoxyribonuclease III Xth  47.88 
 
 
308 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0199533 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0371  exodeoxyribonuclease III  44.73 
 
 
279 aa  236  2e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.226435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  48.26 
 
 
270 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2061  exodeoxyribonuclease III (exonuclease III)  46.33 
 
 
255 aa  236  3e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.240867  normal  0.343531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1993  exodeoxyribonuclease III (xth)  47.86 
 
 
260 aa  235  4e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0563751  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5986  exodeoxyribonuclease III Xth  47.49 
 
 
270 aa  235  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.294616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  46.92 
 
 
264 aa  234  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1085  exodeoxyribonuclease III  45.95 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.647883  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3799  exodeoxyribonuclease III  45.95 
 
 
256 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.602523  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  46.33 
 
 
260 aa  231  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.917664  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5283  exodeoxyribonuclease III Xth  47.31 
 
 
269 aa  231  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.974803  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1386  exodeoxyribonuclease III Xth  46.72 
 
 
263 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.031293  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2668  exodeoxyribonuclease III Xth  45.77 
 
 
260 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.276969  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1207  exodeoxyribonuclease III (xth)  45.17 
 
 
256 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3010  exodeoxyribonuclease III Xth  46.15 
 
 
265 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3424  exodeoxyribonuclease III  43.46 
 
 
272 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.903718  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  45 
 
 
265 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1491  exodeoxyribonuclease III Xth  45.56 
 
 
264 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.74554 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3068  exodeoxyribonuclease III Xth  46.15 
 
 
255 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.504533 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0877  exodeoxyribonuclease III Xth  45.95 
 
 
264 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278743 
 
 
-
 
NC_002978  WD1001  exodeoxyribonuclease III  43.08 
 
 
259 aa  222  4e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0471864  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0446  exodeoxyribonuclease III Xth  50.19 
 
 
258 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.255564  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2898  exodeoxyribonuclease III  45.38 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696489  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  44.23 
 
 
265 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3423  exodeoxyribonuclease III  45.17 
 
 
255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  42.64 
 
 
258 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3728  exodeoxyribonuclease III Xth  43.24 
 
 
256 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  42.47 
 
 
255 aa  208  6e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  41.7 
 
 
257 aa  206  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  40.93 
 
 
254 aa  205  6e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1847  exodeoxyribonuclease III  41.51 
 
 
258 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2687  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1520  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1738  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2247  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2765  exodeoxyribonuclease III  42.05 
 
 
322 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3071  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  41.86 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2631  exodeoxyribonuclease III  41.89 
 
 
258 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 
254 aa  202  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  43.28 
 
 
265 aa  202  4e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0579  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.47 
 
 
274 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.86 
 
 
258 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  41.86 
 
 
258 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  41.86 
 
 
272 aa  201  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  43.3 
 
 
254 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1952  exodeoxyribonuclease III Xth  38.95 
 
 
269 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  0.0243221 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  40.93 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>